Jordskjelv og dampeksplosjoner kunngjorde gjenoppvåkningen av Mount Pinatubo i 1991, overraskende mange geologer fordi Pinatubo ikke en gang var oppført i kataloger av verden vulkaner. Dette fjellet (på den tiden med en høyde på 1.745 meter eller 5.725 fot) manglet den klassiske koniske formen til en vulkan fordi erosjon hadde hugget toppen inn i en fillete ås med bratte jungelbelagte skråninger, og det var ingen skriftlig oversikt over noen utbrudd. Ikke desto mindre tok forskere ved det filippinske instituttet for vulkanologi og seismologi (PHIVOLCS) oppvåkning av Pinatubo veldig alvorlig, og visste at jo lengre hviletid mellom utbrudd, jo farligere kan en vulkan være. Området rundt vulkanen inkluderte tett befolkede regioner. Clark Air Base, en viktig amerikansk luftvåpenbase på Filippinene, ankom også vulkanen.

Utbruddet utviklet seg i flere trinn. 15. mars kl. 1991 begynte en sverm med små, lokalt merkbare jordskjelv på den nordvestlige siden av Pinatubo. Den 2. april åpnet dampeksplosjoner tre store damp- og svovelgassventiler, eller fumaroler, langs en sprekk på 3 km (1,9 mil) i lengde. høyt på nordflanken til vulkanen. Evakuering av innbyggere som bodde innenfor en radius på 10 km fra toppen ble anbefalt. Gjennom april og mai registrerte et nettverk av seismometre opprettet av PHIVOLCS mellom 30 og 180 små jordskjelv per dag . I slutten av april ble det seismiske nettverket utvidet i forbindelse med US Geological Survey for å gi bedre bestemmelse av de pågående jordskjelvenes episenter og dybder. Luftbårne målinger av svoveldioksid (SO2) gass fra fumaroles ble startet 13. mai, og målingene viste at SO2-utslippene økte fra 500 tonn (551 kort tonn) per dag til mer enn 5000 tonn (5511 kort tonn) per dag innen 28. mai.

Den 1. juni begynte en ny sverm med jordskjelv på grunne dybder omtrent 1 km nordvest for toppen, noe som indikerer at magma skapte brudd da den tvang en kanal opp mot overflaten. fra magmakammeret under vulkanen. 3. juni signaliserte en liten eksplosjon begynnelsen på et nytt aktivitetsstadium. Mindre, intermitterende utbrudd av aske begynte ved toppområdet, og et tiltmeter høyt på vulkanens østside begynte å lene seg utover. 7. juni nådde et utbrudd av damp og aske en høyde på 7 til 8 km, og neste morgen bekreftet en observatør i et helikopter at magma virkelig hadde nådd overflaten. Fra 8. juni til 12. juni økte askeutbrudd og grunne jordskjelv. Varslingsnivået ble hevet til «utbrudd pågår», og evakueringsradiusen ble utvidet til 20 km fra toppen. Omtrent 25 000 innbyggere forlot, og Clark Air Base evakuerte 14 500 mennesker.

The første store eksplosive utbrudd skjedde om morgenen 12. juni; det varte i omtrent en time og genererte en kolonne med vulkansk gass og aske 20 km (12 miles) høy. Fare radius ble økt til 30 km (19 miles), og det totale antallet av evakuerte økte til om lag 60 000 mennesker. En annen stor eksplosjon skjedde i løpet av natten 12. juni, etterfulgt av fem til i løpet av de neste to dagene. Utbruddets karakter endret seg 14. juni med økende produksjon av pyroklastiske strømmer. Observasjon av vulkanen ble sterkt hindret av ankomsten av en større tyfon 15. juni. Ti eksplosive utbrudd med tett avstand skjedde i løpet av natten og morgenen den dagen, men lite kunne sees.

Klimaksutbruddet begynte tidlig på ettermiddagen av 15. juni. Synlig observasjon s var umulig på grunn av vind og regn fra tyfonen, men seismograf-, barograf- og satellittobservasjoner registrerte det nest største utbruddet i det 20. århundre – bare overgått av det gigantiske utbruddet i Novarupta fra 1912 nær Katmai-fjellet i Alaska. Det enorme utbruddet av Pinatubo av Plinian-typen varte i omtrent ni timer. Midt på ettermiddagen inkluderte forholdene rundt vulkanen høymørke, fallende aske og pimpsteinklumper så store som 4 cm (1,6 tommer) i diameter, sterk vind og kraftig regn, lyn og jordskjelv. Store jordskjelv ble kjent hvert 10. til 15. minutt. Satellittbilder viste at det hadde dannet seg en gigantisk, paraplyformet utbruddsky som var 400 km (250 miles) i diameter og 34 km (21 miles) høy på toppen. Askefallet fra denne skyen dekket et område på 7500 kvadratkilometer (2900 kvadratkilometer) til en dybde på 1 cm (0.4 tommer) eller mer med våt, grå ask og pimpstein; den maksimale tykkelsen var omtrent 50 cm (20 tommer) noen få kilometer sørvest for ventilasjonsområdet. Askevolumet var ca. 5 kubikkmil. De fleste av de 300 dødsfallene som ble forårsaket direkte av utbruddet, var resultatet av at tak og bygninger kollapset fra vekten av våt aske.

Under det gigantiske utbruddet strømmer store pyroklastiske strømninger – blandinger av varm aske og gasser som er tettere enn luft. —Svepte ned flatene til Pinatubo så langt som 16 km (10 miles) fra det gamle toppmøtet. Denne intenst varme asken strømmer sterilisert 400 kvadratkilometer land rundt vulkanen, og fyller daler med høye temperaturavleiringer så mye som 200 meter (660 fot) tykke. Oversvømmelser fra tyfonregnen slo opp den løse vulkanske asken og de pyroklastiske avleirene og helte tykke gjørmestrømmer nedover alle bekker og elvedaler rundt fjellet. I mange år etter utbruddet, da kraftig nedbør og flom ødela de tykke pyroklastiske forekomster, gjentatte gjørmestrømmer begravde byer og gårdsfelt, ødela veier og broer, og fordrev mer enn 100.000 mennesker.

Anslagsvis 17 millioner tonn SO2-gass ble injisert i stratosfæren av Pinatubos sky med høyt utbrudd. Dette dannet en aerosol av små sulfatdråper som, med det ekstremt fine vulkanske støvet, sirklet rundt kloden på omtrent tre uker og reduserte solstrålingen til jordens overflate. Dette stratosfæriske tåkelaget avtok i løpet av de neste tre årene og forårsaket tilsynelatende en gjennomsnittlig avkjøling på 0,4 ° C (0,7 ° F) av jordens klima i løpet av 1992–93.