Før etableringen av Capitol brukte den lovgivende forsamlingen provinsdelegasjonsbygningen, som nå huser statsdepartementet. Ideen om å bygge en hovedstad ble først introdusert av tidligere bosetningskommissær Luis Muñoz Rivera i 1907, og var delvis ment å demonstrere en viss grad av sivilt styre på øya, som på det tidspunktet var en koloni i USA. Prosjektet foreslått av Muñoz Rivera tildelte 3 millioner dollar til byggingen og etablerte regler for en konkurranse blant arkitekturer for å avgjøre hvilken som skulle gjøre arbeidet.

I september 1907 sendte interiørkommissær Laurence Grahame den offisielle forespørselen. for arkitekter gjennom presse og magasiner i USA. Spesifikasjonene for bygningen var at den skulle ha tre hovedinstallasjoner: Executive Council, House of Delegates og Supreme Court. Det skulle være enkelt, konservativt og passende for øyas værforhold. 134 arkitektoniske design ble sendt fra USA, Cuba, Canada, Frankrike, Spania og Puerto Rico.

Evalueringen av forslagene hadde ansvaret for William F. Willoughby (president i Executive Council), José de Diego (høyttaler for huset, representert av Luis Muñoz Rivera), José S. Quiñones (høyesterettspresident) og Laurence Grahame. Tre amerikanske arkitekter ble også bedt om å delta i kommisjonen: EB Homerde, John E. Howe og Bowen Bancroft Smith. Til slutt ble tre prosjekter valgt, tilhørende Frank E. Perkins (New York City), James H. Ritchie og Lewis B. Abbot (Boston) og Henry L. Beadle (New York).

Til slutt var prosjektet valgt fra Frank E. Perkins, som presenterte en nyklassisistisk stil med lite ornamentikk. Hovedhallene var organisert rundt en sentral uteplass, med sørfasaden som fører til lobbyen. Lobbyen hadde kuppelen over, som hadde en stil som ligner på Pantheon i Roma, inkludert oculus. Til høyre ville det være en sesjonssal for Executive Council, og til venstre for delegatenes hus. Høyesterett skulle møtes i en sal mot nord.

Luis Muñoz Rivera og lokalpressen foretrakk imidlertid et annet prosjekt som ble diskvalifisert av evalueringskomiteen, fordi arkitekten hadde tatt med et slagord i tegningene, som var forbudt. Prosjektet tilhørte en Puerto Ricas ingeniør kalt Carlos del Valle Zeno. Del Valles prosjekt presenterte en renessansestil med nyklassisistiske ordrer.

Til tross for den offentlige mening ble Perkins ansatt for å lage konstruksjonens tegninger for Capitol, som deretter ble auksjonert. Det var ikke før 1920 at prosjektet ble gjenopptatt da interiørkommissæren, Guillermo Esteves, publiserte et nytt design. Endringen kom etter en revisjon fra Department of Interior, som fant Perkins «design som upassende. Med tilsyn av arkitektene Adrian C. Finlayson, Francisco Roldán og Pedro de Castro ble det laget nye tegninger i renessansestil.

Byggingen av bygningen begynte til slutt i 1921 under ledelse av Antonio R. Barceló. Imidlertid ble konstruksjonen stoppet etter fullføring av første nivå. Da Finlayson ble syk, ble han erstattet av Rafael Carmoega som sammen med arkitekter. Joseph O «Kelly, William Schimmelpfennig, Harry Pembleton, Albert Nichols, Luis F. Pina og Gonzalo Fernós Maldonado, laget et nytt design for å fullføre strukturen.

Deres design innarbeidet noen av elementene fra Perkins» s original design, inkludert kuppelen. Modellen for den sentrale strukturen og kuppelen var den for Low Memorial Library ved Columbia University.

Bygningen ble innviet 11. februar 1929 med det første møtet i Legislat Ive forsamling som finner sted tre dager senere.

Den ble oppført på US National Register of Historic Places i 1977 som El Capitolio de Puerto Rico.