Mészárlás és újabb konfliktusok
Augusztus 24-én, Szent Bertalan napján, 1572. hajnali kettőkor a katolikus csapatok megmozdultak, hogy megöljék a sérült Colignyt és más hugenotta vezetőket. Végül minden rendérzet megszakadt; zsákmányok és harcok robbantak ki Párizsban, és több mint kétezer férfi, nő és gyermek holtan halt meg. A hírek szerint Catherine rendelte el a támadásokat, de ezt még soha nem sikerült teljesen bebizonyítani. Újabb polgárháború kezdődött, de az események furcsa fordulatával a hugenotta párt vezetése most Katarina legfiatalabb fiára, Ferencre, Alençon hercegére esett. A protestáns erők élére állítva és koronáról álmodozva kijelentette, hogy idősebb testvére, Henry, akit éppen Lengyelország trónjára választottak, már nem állt rendelkezésére Franciaország uralma alatt.
Catherine harmadik fiának, Henrynek távozása Lengyelország trónjának átvételére ösztönözte újabb hugenotta felkelés. Catherine szokásos energiájával erőket szervezett annak megakadályozására, és szokásos határozottságával tanúja volt vezetőinek kivégzésének. Tanúja volt huszonnégy éves fia, Károly király halálának is. Felidézte kedvencét, Henry-t, aki átvette a királyi tisztséget. III. Henriket 1575-ben megkoronázták és feleségül vették, de nem voltak gyermekei, akik végül trónra kerülhettek. A Guise családdal is voltak nézeteltérései, ami bonyolította a dolgokat. Catherine felszólította Henryt, hogy rendezze nézeteltéréseit a Guise családdal a nemzeti és katolikus biztonság érdekében.
Catherine élete végéig politikailag aktív maradt, Henry nevében bejárta Franciaországot és megpróbálta fenntartani háború sújtotta számos területének hűségét. Hatalmas könyv- és festménygyűjteményt is felépített. , és megépítette vagy kibővítette Párizs néhány legszebb épületét. 1589-ben egyik unokája házasságánál tánc közben lett rosszul. Január 5-én halt meg, és elég sokáig élt ahhoz, hogy meghallja, hogy Henry testőrei meggyilkolták Guise-t, amelyet fia elutasításának tekintett mindazért, amiért dolgozott. Később abban az évben III. Henriket meggyilkolták. Egy másik fordulatban , a hugenotta navarrai herceg vette át a trónt; képtelen volt arra ülni, amíg 1593-ban elfogadta a katolikus hitet azzal a híres megjegyzéssel: “Párizs misét ér”.
