Avant la création du Capitole, l’Assemblée législative utilisait le bâtiment de la délégation provinciale, qui abrite maintenant le département d’État. L’idée de construire une capitale a été introduite pour la première fois par l’ancien commissaire résident Luis Muñoz Rivera en 1907 et visait en partie à démontrer un certain degré de domination civile dans l’île, qui à l’époque était une colonie des États-Unis. Le projet proposé par Muñoz Rivera allouait 3 millions de dollars pour la construction et établissait des règles pour un concours d’architectures afin de décider laquelle effectuerait les travaux.

En septembre 1907, la commissaire à l’Intérieur Laurence Grahame a envoyé la demande officielle pour les architectes à travers la presse et les magazines des États-Unis. Les spécifications du bâtiment étaient qu’il était censé avoir trois installations principales: le Conseil exécutif, la Chambre des délégués et la Cour suprême. Il était censé être simple, conservateur et adapté aux conditions météorologiques de l’île. 134 projets architecturaux ont été soumis des États-Unis, de Cuba, du Canada, de la France, de l’Espagne et de Porto Rico.

L’évaluation de les propositions étaient en charge de William F. Willoughby (président du Conseil exécutif), José de Diego (président de la Chambre, représenté par Luis Muñoz Rivera), José S. Quiñones (président de la Cour suprême), et Laurence Grahame. Trois architectes américains ont également été invités à rejoindre la commission: EB Homerde, John E. Howe et Bowen Bancroft Smith. Au final, trois projets ont été sélectionnés, appartenant à Frank E. Perkins (New York), James H. Ritchie et Lewis B. Abbot (Boston) et Henry L. Beadle (New York).

Enfin, le projet choisi était celui de Frank E. Perkins, qui présentait un style néoclassique avec peu d’ornementation. Les salles principales étaient organisées autour d’un patio central, avec la façade sud menant au lobby. Le lobby avait le dôme au-dessus, qui portait un style similaire au Panthéon de Rome, y compris l’oculus. À droite, il y aurait une salle de session pour le Conseil exécutif et à gauche pour la Chambre des délégués. La Cour suprême se réunirait dans une salle orientée au nord.

Cependant, Luis Muñoz Rivera et la presse locale ont préféré un autre projet qui a été disqualifié par le comité d’évaluation, car l’architecte avait inclus un slogan dans les plans, ce qui était interdit. Le projet appartenait à un ingénieur portoricain appelé Carlos del Valle Zeno. Le projet de Del Valle présentait un style Renaissance, avec des commandes néoclassiques.

Malgré l’opinion publique, Perkins fut embauché pour faire les plans de construction du Capitole, qui furent ensuite mis aux enchères. Ce n’est qu’en 1920 que le projet a été repris lorsque le commissaire de l’intérieur, Guillermo Esteves, a publié un nouveau design. Le changement est intervenu après une révision du ministère de l’Intérieur, qui a jugé le design de Perkins inapproprié. Sous la supervision des architectes Adrian C. Finlayson, Francisco Roldán et Pedro de Castro, de nouveaux plans ont été réalisés en utilisant le style Renaissance.

La construction du bâtiment a finalement commencé en 1921 sous la direction d’Antonio R. Barceló. Cependant, la construction a été interrompue après l’achèvement du premier niveau. Lorsque Finlayson est tombé malade, il a été remplacé par Rafael Carmoega qui, avec les architectes Joseph O « Kelly, William Schimmelpfennig, Harry Pembleton, Albert Nichols, Luis F. Pina et Gonzalo Fernós Maldonado, ont fait un autre design pour finir la structure.

Leur conception a incorporé certains des éléments de Perkins » s conception originale, y compris le dôme. Le modèle de la structure centrale et du dôme était celui de la Low Memorial Library de l’Université Columbia.

Le bâtiment a été inauguré le 11 février 1929, avec la première réunion du Législat ive Assemblée qui aura lieu trois jours plus tard.

Elle a été inscrite au registre national américain des lieux historiques en 1977 sous le nom d’El Capitolio de Puerto Rico.