Eukaryoottisten ja prokaryoottisten promoottoreiden välinen ero koostuu kahdesta lyhyestä sekvenssistä -10- ja -35-asemissa ylävirtaan transkription aloituskohdasta.
- -10-sekvenssiä kutsutaan Pribnow-ruutuksi tai -10 -elementiksi, ja se koostuu yleensä kuudesta nukleotidista TATAAT. Pribnow-ruutu on ehdottoman välttämätön prokaryoottien transkription aloittamiseksi.
- Toinen sekvenssi -35 (-35-elementti) koostuu yleensä kuudesta TTGACA-nukleotidista. Sen läsnäolo sallii erittäin korkean transkriptiotaajuuden.
Eukaryoottiset promoottorit
Eukaryoottiset promoottorit ovat erittäin erilaisia ja niitä on vaikea luonnehtia. Ne sijaitsevat tyypillisesti ylävirtaan geenistä, ja niillä voi olla säätelyelementtejä useita kilobaaseja pois transkription aloituskohdasta. Eukaryooteissa transkriptiokompleksi voi saada DNA: n taipumaan takaisin itseensä, mikä mahdollistaa säätelysekvenssien sijoittamisen kauas todellisesta transkriptiokohdasta. Monet eukaryoottiset promoottorit sisältävät TATA-laatikon (sekvenssi TATAAA), joka puolestaan sitoo TATA: ta sitovan proteiinin, joka auttaa muodostamaan RNA-polymeraasin transkriptiokompleksin. TATA-ruutu on tyypillisesti hyvin lähellä transkription aloituskohtaa (usein 50 emäksen sisällä).
