Maanjäristykset ja höyryräjähdykset ilmoittivat Pinatubo-vuoren uudestaan herätyksestä vuonna 1991, yllättäen monet geologit, koska Pinatuboa ei ollut edes listattu maailman luetteloissa tulivuoret. Tältä vuorelta (tuolloin 1745 metrin korkeudesta) puuttui tulivuoren klassinen kartiomainen muoto, koska eroosio oli veistänyt sen huipun räjähtäneeksi harjanteeksi jyrkillä viidakon peittämillä rinteillä, eikä kirjallisista tiedoista ollut mitään purkauksia. Kuitenkin Filippiinien tulivuoren ja seismologian instituutin (PHIVOLCS) tutkijat ottivat Pinatubon heräämisen erittäin vakavasti tietäen, että mitä pidempi lepo puhkeamisen välillä on, sitä vaarallisempi tulivuori voi olla. Tulivuorta ympäröivälle alueelle kuului tiheästi asuttuja alueita. Clarkin lentotukikohta, Yhdysvaltojen suuri ilmavoimien tukikohta Filippiineillä, tuki myös tulivuorta.

Purkaus kehittyi useissa vaiheissa. 15. maaliskuuta 1991, joukko pieniä, paikallisesti havaittavia maanjäristyksiä alkoi Pinatubon luoteispuolelta. 2. huhtikuuta höyryräjähdykset avasivat kolme isoa höyry- ja rikkikaasuaukkoa tai fumaroleja pitkin halkeamaa, joka oli 3 km pitkä. korkealla tulivuoren pohjan laidalla. 10 km: n (6 mailin) säteellä huipusta asuvien asukkaiden evakuointia suositeltiin. Huhtikuun ja toukokuun välisenä aikana PHIVOLCSin perustama seismometriverkosto kirjasi 30–180 pientä maanjäristystä päivässä . Huhtikuun lopulla seismistä verkostoa laajennettiin yhdessä Yhdysvaltain geologisen tutkimuskeskuksen kanssa, jotta nykyisten maanjäristysten epikeskukset ja syvyydet voidaan määrittää paremmin. Fumaroleista peräisin olevan rikkidioksidin (SO2) kaasumittaukset ilmassa aloitettiin 13. toukokuuta, ja mittaukset osoittivat, että SO2-päästöt kasvoivat 500 tonnista (551 lyhyttä tonnia) päivässä yli 5000 tonniin (5511 lyhyttä tonnia) päivässä 28. toukokuuta mennessä.

1. kesäkuuta uusi matala syvyys alkoi matalasta syvyydestä noin 1 km (0,6 mailia) huipusta luoteeseen, mikä osoittaa, että magma loi murtumia, kun se pakotti avaamaan putken kohti pintaa tulivuoren alla olevasta magmakammiosta. 3. kesäkuuta pieni räjähdys merkitsi uuden toiminnan alkua. Pienet, ajoittaiset tuhkapurkaukset alkoivat huipun alueelta, ja kallistusmittari korkealla tulivuoren itäpuolella alkoi nojata ulospäin. 7. kesäkuuta 7. höyryn ja tuhkan purkaus saavutti 7–8 km: n (4,3–5 mailin) korkeuden, ja seuraavana aamuna helikopterin tarkkailija vahvisti, että magma oli todella saavuttanut pinnan. Tuhkan purkaukset ja matalat maanjäristykset lisääntyivät 8. kesäkuuta – 12. kesäkuuta. Hälytystaso nostettiin ”käynnissä olevaan purkaukseen”, ja evakuointisäde laajennettiin 20 km: iin (12 mailia) huipusta. Noin 25 000 asukasta lähti, ja Clarkin lentotukikohta evakuoi 14 500 ihmistä.

The ensimmäinen merkittävä räjähtävä purkaus tapahtui aamulla 12. kesäkuuta; se kesti noin tunnin ja muodosti 20 km (12 mailia) korkean tulivuoren kaasu- ja tuhkapylvään. Vaaran säde nostettiin 30 km: iin (19 mailia) ja kokonaismäärä evakuoitujen määrä kasvoi noin 60 000 ihmiseen. Toinen suuri räjähdys tapahtui 12. kesäkuuta yönä, jota seurasi vielä viisi seuraavien kahden päivän aikana. Purkausten luonne muuttui 14. kesäkuuta lisääntyneellä pyroklastisten virtausten tuotannolla. Tulivuoren havainto suurten taifuunien saapuminen 15. kesäkuuta vaikeutti suuresti. Kymmenen lähellä sijaitsevaa räjähtävää purkausta tapahtui tuon päivän yönä ja aamuna, mutta vähän nähtiin.

Ilmastopurkaus alkoi aikaisin iltapäivällä. 15. kesäkuuta. Näkyvä havainto Se oli mahdotonta taifuunin tuulten ja sateen takia, mutta seismografi, barografi ja satelliittitarkastukset tallensivat 1900-luvun toiseksi suurimman purkauksen – ylitti vain jättimäinen Novarupta-purkaus vuonna 1912 Katmai-vuoren lähellä Alaskassa. Pinatubon valtava Plinian-tyyppinen purkaus kesti noin yhdeksän tuntia. Iltapäivän puoliväliin mennessä tulivuoren ympärillä oli sävyinen pimeys, putoava tuhka ja jopa 4 cm: n kokoiset hohkakyhmyt, voimakkaat tuulet ja rankkasade, salaman välähdykset ja maanjäristykset. Suuria maanvärinöitä tuntui noin 10-15 minuutin välein. Satelliittikuvat osoittivat, että oli muodostunut jättiläinen sateenvarjon muotoinen purkauspilvi, jonka halkaisija oli 400 km (250 mailia) ja sen kärjessä 34 km (21 mailia) korkea. Tuhkan pudonnut tästä pilvestä peitti 7500 neliökilometrin (1 900 neliökilometriä) alueen 1 cm: n (0.Vähintään 4 tuumaa) märällä, harmaalla tuhkalla ja hohkakivellä; enimmäispaksuus oli noin 50 cm muutama kilometri lounaaseen tuuletusaukosta. Tuhkan määrä oli noin 5 kuutiometriä (1,2 kuutiometriä). Suurin osa purkauksen aiheuttamista 300 kuolemasta johtui kattojen ja rakennusten romahtamisesta märän tuhkan painosta.

Jättiläisen purkauksen aikana valtavat pyroklastiset virtaukset – kuumaa tuhkaa ja ilmaa tiheämpiä seoksia – pyyhkäisi Pinatubon laidat jopa 16 km (10 mailia) sen vanhasta huipusta. Nämä voimakkaasti kuumat tuhkat virtaavat steriloituna 400 neliökilometriä maata tulivuoren ympäri ja täyttävät laaksot jopa 200 metrin (660 jalkaa) paksuisilla korkean lämpötilan kerrostumilla. Taifuunisateiden tulvat sytyttivät irtonaiset tulivuoren tuhkat ja pyroklastiset kerrostumat ja kaatoivat paksuja mutavirtoja pitkin kaikkia puroja ja jokilaaksoja vuoren ympärillä. Vuosien ajan purkauksen jälkeen voimakkaat sateet ja tulvat heikensivät paksuja pyroklastisia kerrostumia, toistuvat mutavuodet hautasivat kaupunkeja ja maatiloja, tuhosivat teitä ja siltoja ja siirtivät yli 100 000 ihmistä.

Arviolta 17 miljoonaa tonnia SO2-kaasua injektoitiin stratosfääriin Pinatubon korkean purkauspilven avulla. Tämä muodosti pienistä sulfaattipisaroista koostuvan aerosolin, joka kierteli erittäin hienon tulivuoren pölyn kanssa maapalloa noin kolmen viikon kuluessa ja vähensi auringon säteilyä maapallolle. Tämä stratosfäärin sameuskerros väheni seuraavien kolmen vuoden aikana ja aiheutti ilmeisesti keskimääräisen 0,4 ° C: n (0,7 ° F) maapallon ilmastoa vuosina 1992–1993.