En la medicina tradicional a base de hierbas, la matricaria se ha utilizado para la fiebre, el dolor de cabeza, la artritis y los problemas digestivos.

Los ingredientes activos de la matricaria incluyen partenolida. Ha habido cierto interés científico en la partenolida, que se ha demostrado que induce la apoptosis en algunas líneas de células cancerosas in vitro y, potencialmente, se dirige a las células madre cancerosas. No se han publicado estudios in vivo de partenolida o matricaria en seres humanos con cáncer.

El papel de la partenolida en la inducción de los efectos antimigrañosos de la matricaria se ha investigado principalmente in vitro. Se ha sugerido que el mecanismo de acción es el antagonismo de los receptores de serotonina y la inhibición de la serotonina liberada por neuronas (5-HT). La pathenolida también parece desempeñar un papel en el bloqueo de la cascada de NO y en la liberación de citocinas proinflamatorias (TNF-α e IL-6) que podrían estar implicadas en la patogenia de la migraña. Se ha demostrado que la partenolida actúa como un agonista parcial de TRPA1, provocando una desensibilización selectiva del canal y una desfuncionalización no selectiva de las neuronas sensoriales que contienen CGRP. También se ha considerado que la liberación del neuropéptido sensorial CGRP dentro del sistema trigeminovascular está involucrada en la génesis de las migrañas

El contenido de partenólidos de los suplementos de matricaria disponibles comercialmente varía sustancialmente, en más de 40 veces, a pesar de etiquetado de declaraciones de «estandarización». Un estudio encontró que el contenido de partenólidos de estos suplementos se parecía poco al contenido que se afirma en las etiquetas de los productos.

En agosto de 2019, ScienceDaily informó que los investigadores de la Universidad de Birmingham anunciaron que habían desarrollado un método para producir partenolida directamente de las plantas y una forma de modificar esa partenolida para producir una serie de compuestos, técnicas que parecen prometedoras para permitir la investigación clínica sobre el potencial de la matricaria para aplicaciones médicas.

Seis ensayos clínicos controlados Se ha publicado una evaluación de la eficacia y seguridad de la matricaria en monoterapia en la prevención de la migraña. En total, 513 pacientes participaron en estos estudios. Los tamaños de las muestras del estudio oscilaron entre 17 y 170. En todos los estudios, la matricaria se autoadministra por vía oral una a tres veces al día en forma de cápsulas. La duración del estudio varió de dos a ocho meses. La mayoría de los ensayos clínicos favorecieron la matricaria sobre el placebo. Los datos también sugieren que la matricaria se asocia con efectos adversos leves y transitorios. La frecuencia de la migraña se vio afectada positivamente después del tratamiento con matricaria. También se informó una reducción de la gravedad de la migraña después de la ingesta de matricaria y la incidencia de náuseas y vómitos disminuyó significativamente.

La matricaria está registrada como una medicina tradicional a base de hierbas en los países nórdicos con el nombre comercial Glitinum. Solo la matricaria en polvo está aprobada en la monografía de hierbas de la Unión Europea emitida por la Agencia Europea de Medicamentos.

El uso prolongado de matricaria seguido de una interrupción abrupta puede inducir un síndrome de abstinencia con dolores de cabeza de rebote y dolores musculares y articulares. La matricaria puede causar reacciones alérgicas, incluida la dermatitis de contacto. Otros efectos secundarios han incluido malestar gastrointestinal como náuseas, vómitos, dolor abdominal, diarrea y flatulencia. Cuando la hierba se mastica o se toma por vía oral, puede causar úlceras en la boca e hinchazón y entumecimiento de la boca. Las mujeres embarazadas no deben tomar matricaria. Puede interactuar con los anticoagulantes y aumentar el riesgo de hemorragia, y también puede interactuar con una variedad de medicamentos metabolizados por el hígado.