Zemětřesení a výbuchy páry oznámily probuzení Mount Pinatubo v roce 1991, což překvapilo mnoho geologů, protože Pinatubo nebyl uveden ani v katalozích světa sopky. Této hoře (v té době s nadmořskou výškou 1745 metrů nebo 5725 stop) chyběl klasický kuželovitý tvar sopky, protože eroze vytesala jeho vrchol do rozeklaného hřebene se strmými svahy pokrytými džunglí a neexistoval žádný písemný záznam o žádném erupce. Vědci z filipínského institutu vulkanologie a seismologie (PHIVOLCS) nicméně vzali probuzení Pinatubo velmi vážně, protože věděli, že čím delší je mezi erupcemi klima, tím nebezpečnější může být sopka. Oblast obklopující sopku zahrnovala hustě osídlené oblasti. Clark Air Base, hlavní americká letecká základna na Filipínách, také dosedla na sopku.

Erupce se vyvinula v několika fázích. 15. března 1991 začal na severozápadní straně Pinatubo roj malých, místně rozeznatelných zemětřesení. 2. dubna parní výbuchy otevřely tři velké otvory pro páru a síru nebo fumaroly podél trhliny o délce 3 km, která se nacházela vysoko na severním křídle sopky. Doporučila se evakuace obyvatel žijících v okruhu 10 km od summitu. Během dubna a května zaznamenala síť seismometrů zřízených společností PHIVOLCS 30 až 180 malých zemětřesení denně . Na konci dubna byla seizmická síť rozšířena ve spojení s americkým geologickým průzkumem, aby bylo možné lépe určit epicentra a hloubky probíhajících zemětřesení. Měření vzdušného plynu obsahujícího oxid siřičitý (SO2) z fumarolů bylo zahájeno 13. května a měření ukázala, že emise SO2 vzrostly z 500 metrických tun (551 čistých tun) denně na více než 5 000 metrických tun (5 511 čistých tun) denně do 28. května.

1. června začal v mělkých hloubkách asi 1 km severozápadně od vrcholu nový roj zemětřesení, což naznačuje, že magma vytvářelo zlomeniny, když nutilo otevřít potrubí k povrchu z magmatické komory pod sopkou. 3. června signalizovala malá exploze začátek nové etapy činnosti. V oblasti vrcholu začaly drobné občasné erupce popela a tiltmetr vysoko na východní straně sopky se začal vyklánět ven. 7. června erupce páry a popela dosáhla výšky 7 až 8 km (4,3 až 5 mil) a následujícího rána pozorovatel ve vrtulníku potvrdil, že magma skutečně dosáhla povrchu. Od 8. června do 12. června se zvýšily erupce popela a mělká zemětřesení. Úroveň výstrahy byla zvýšena na „erupce probíhá“ a poloměr evakuace byl rozšířen na 20 km (12 mil) od summitu. Odešlo asi 25 000 obyvatel a letecká základna Clark evakuovala 14 500 lidí.

první velká explozivní erupce nastala ráno 12. června; trvala asi hodinu a vytvořila sloupec sopečného plynu a popela vysoký 20 km (12 mil). Poloměr nebezpečí se zvýšil na 30 km (19 mil) a celkový počet evakuovaných osob vzrostl na asi 60 000 lidí. V noci 12. června došlo k další velké explozi, následované dalšími pěti během příštích dvou dnů. Charakter erupcí se změnil 14. června s rostoucí produkcí pyroklastických toků. Pozorování sopky byl velmi bráněn příchodem významného tajfunu 15. června. Během noci a rána toho dne došlo k deseti těsně rozmístěným výbuchům, ale bylo toho málo vidět.

Vrcholná erupce začala brzy odpoledne ze dne 15. června. Viditelné pozorování Byly nemožné kvůli větrům a dešti, které přinesl tajfun, ale seismograf, barograf a satelitní pozorování zaznamenaly druhou největší erupci 20. století – překonanou pouze obrovskou erupcí Novarupty z roku 1912 poblíž hory Katmai na Aljašce. Obrovská erupce Pinatubo typu Plinian trvala asi devět hodin. V polovině odpoledne zahrnovaly podmínky kolem sopky temnotu hřiště, padající popel a hrudky pemzy velké až 4 cm v průměru, silný vítr a silný déšť, blesky a zemětřesení. Hlavní otřesy byly pociťovány přibližně každých 10 až 15 minut. Satelitní snímky ukázaly, že se vytvořil obrovský erupční mrak ve tvaru deštníku, který měl v průměru 400 km (250 mil) a na jeho vrcholu 34 km (21 mil). Pád popela z tohoto mraku pokrýval plochu 7 500 čtverečních km (2 900 čtverečních mil) do hloubky 1 cm (0.4 palce) nebo více s mokrým, šedým popelem a pemzou; maximální tloušťka byla asi 50 cm (20 palců) několik kilometrů jihozápadně od ventilační oblasti. Objem popela byl asi 5 kubických km (1,2 kubických mil). Většina z 300 úmrtí způsobených přímo erupcí byla důsledkem kolapsu střech a budov z váhy mokrého popela.

Během obrovské erupce proudily obrovské pyroklastické proudy – směsi horkého popela a plynů hustší než vzduch —Střelil boky Pinatubo až 16 km (10 mil) od jeho starého vrcholu. Tyto intenzivně horké toky popela sterilizovaly 400 km2 (154 čtverečních mil) půdy kolem sopky a naplňovaly údolí vysokoteplotními usazeninami o tloušťce až 200 metrů. Povodně z tajfunových dešťů stočily sypký vulkanický popel a pyroklastická ložiska a sypaly husté bahno dolů po všech potocích a údolích řek kolem hory. Po letech po erupci, jak silné deště a záplavy erodovaly husté pyroklastické usazeniny, opakující se bahno pohřbilo města a zemědělská pole, zničilo silnice a mosty a vysídlilo více než 100 000 lidí.

Odhaduje se, že 17 milionů tun Plyn SO2 byl vstřikován do stratosféry Pinatuboovým vysoko erupčním mrakem. Tak vznikl aerosol drobných kapiček síranu, který s extrémně jemným sopečným prachem obletěl planetu asi za tři týdny a snížil sluneční záření dopadající na zemský povrch. Tato vrstva stratosférického oparu se během následujících tří let zmenšila a zjevně způsobila průměrné ochlazení zemského podnebí o 0,4 ° C v letech 1992–93.