Masakr a další konflikty
Ve dvě hodiny ráno 24. srpna, v den svatého Bartoloměje, 1572, se katolické jednotky přesunuly zabít zraněného Colignyho a dalších hugenotských vůdců. Nakonec se rozpadl veškerý smysl pro pořádek; po Paříži vypukly rabování a boje a více než dva tisíce mužů, žen a dětí skončilo mrtvých. Catherine údajně nařídila útoky, ale nikdy to nebylo zcela prokázáno. Začala další občanská válka, ale podivným vývojem událostí se vedení strany Huguenot nyní dostalo na Catherineina nejmladšího syna Františka, vévody z Alençonu. Postavil se do čela protestantských sil a sní o koruně, prohlásil, jeho starší bratr Henry, který byl právě zvolen na trůn v Polsku, již nebyl k dispozici, aby vládl Francii.
Odchod Catherine, třetího syna Jindřicha, převzít trůn v Polsku, vedl k výzvě další hugenotské povstání. Catherine svou obvyklou energií organizovala síly, aby ji zastavila, a se svou obvyklou rozhodností byla svědkem poprav jejích vůdců. Byla také svědkem smrti jejího syna krále Karla ve věku dvaceti čtyř let. Vzpomněla si na svého oblíbeného Henryho, který se stal králem. Henry III byl korunován v roce 1575 a oženil se, ale neměl žádné děti, které by nakonec mohly převzít trůn. Měl také neshody s rodinou Guise, což komplikovalo věci. Catherine naléhala na Henryho, aby urovnal své spory s rodinou Guise kvůli národní a katolické bezpečnosti.
Catherine zůstala politicky aktivní až do konce svého života, procestovala Francii jménem Henryho a pokusila se zachovat loajalitu mnoha válečných území. Vybudovala také obrovskou sbírku knih a obrazů a postavila nebo rozšířila některé z nejlepších pařížských budov. V roce 1589 onemocněla při tanci při sňatku jedné z jejích vnuček. Zemřela 5. ledna a žila dost dlouho na to, aby slyšela, že Henryho osobní strážci zavraždili Guiseho, což její syn považoval za odmítnutí všeho, pro co pracovala. Později téhož roku byl zavražděn Henry III. , trůnu se ujal hugenotský princ Jindřich Navarský; nemohl na něm sedět, dokud v roce 1593 nepřijal katolickou víru se slavnou poznámkou: „Paříž stojí za mši.“
