Citlivý nervový systém pacientů s migrénou jim může umožnit ataky vyvolané určitými specifickými pachy nebo osvětlením situacích. Pokud existuje skutečná alergie na sloučeninu ve vzduchu, nosní nebo respirační tkáně reagují kvůli bílým krvinkám nebo zánětu spojenému s alergií. To způsobí uvolnění chemikálií, které vedou k ucpání nosu, odtoku a kýchání, což obvykle souvisí se sennou rýmou.

Studie pacientů s migrénou k vyhodnocení jejich abnormalit část imunitního systému a bílé krvinky odpovědné za infekci nenalezly důkazy o vztahu mezi alergií a migrénou. Lidé s migrénou však mají vyšší riziko alergií a astmatu. Jedním společným faktorem je role zánětu u každé z těchto poruch.

Existují jedinci, kteří mají respirační nebo sezónní alergie, které přispívají nebo způsobují bolesti hlavy vyplývající z jejich nosu průchody nebo dutiny. Vyšetření a diagnostické testy mohou u většiny pacientů tyto problémy izolovat a konkrétně jim pomoci tyto problémy vyřešit.

Někdy mohou pacienti s migrénou a jinými bolestmi hlavy trpět bolestmi hlavy souvisejícími s alergickými problémy. Alergická reakce může vyvolat zvýšení jejich normálních bolestí hlavy nebo migrén.

Někteří pacienti trpící migrénou pociťují jako součást svého záchvatu migrény ucpání nosu nebo příznaky sinusového typu. Tyto bolesti hlavy by neměly být zaměňovány s „sinusovou bolestí hlavy“ nebo „sinusovou infekcí“, ale měly by být diagnostikovány a léčeny jako migréna.