Innan Capitol inrättades använde lagstiftande församlingen provinsens delegationsbyggnad, som nu rymmer statsdepartementet. Idén att bygga en huvudstad introducerades först av den tidigare bosättningskommissionären Luis Muñoz Rivera 1907 och var delvis avsedd att visa en viss grad av civilt styre på ön, som vid den tiden var en koloni i USA. Projektet som föreslagits av Muñoz Rivera tilldelade 3 miljoner dollar för konstruktionen och fastställde regler för en tävling bland arkitekturer för att avgöra vilken som skulle göra arbetet.

I september 1907 skickade inrikeskommissionären Laurence Grahame den officiella begäran för arkitekter genom press och tidskrifter i USA. Specifikationerna för byggnaden var att den skulle ha tre huvudsakliga installationer: verkställande rådet, delegatens hus och högsta domstolen. Det var tänkt att vara enkelt, konservativt och lämpligt för öns väderförhållanden. 134 arkitektoniska mönster lämnades in från USA, Kuba, Kanada, Frankrike, Spanien och Puerto Rico.

Utvärderingen av förslagen var ansvariga för William F. Willoughby (verkställande rådets president), José de Diego (husets talman, företrädd av Luis Muñoz Rivera), José S. Quiñones (president för högsta domstolen) och Laurence Grahame. Tre amerikanska arkitekter ombads också att gå med i uppdraget: EB Homerde, John E. Howe och Bowen Bancroft Smith. I slutändan valdes tre projekt ut som tillhörde Frank E. Perkins (New York City), James H. Ritchie och Lewis B. Abbot (Boston) och Henry L. Beadle (New York).

Slutligen var det valda projektet det från Frank E. Perkins som presenterade en nyklassisk stil med lite prydnad. De stora salarna var organiserade kring en central uteplats, med den södra fasaden som leder till lobbyn. Lobbyn hade kupolen ovan, som bar en stil som liknar Pantheon i Rom, inklusive oculus. Till höger skulle det finnas en möteshall för verkställande rådet och till vänster för delegatens hus. Högsta domstolen skulle träffas i en hall mot norr.

Luis Muñoz Rivera och lokalpressen föredrog emellertid ett annat projekt som diskvalificerades av utvärderingskommittén, eftersom arkitekten hade inkluderat en slogan i ritningarna, vilket var förbjudet. Projektet tillhörde en Puerto Rico-ingenjör som heter Carlos del Valle Zeno. Del Valles projekt presenterade en renässansstil med neoklassiska ordningar.

Trots den allmänna opinionen anställdes Perkins för att göra byggnadsritningarna för Capitol, som sedan auktionerades ut. Det var inte förrän 1920 att projektet togs upp igen när inrikeskommissionären Guillermo Esteves publicerade en ny design. Förändringen kom efter en revision från inrikesdepartementet, som fann att Perkins design var olämplig. Med övervakningen av arkitekterna Adrian C. Finlayson, Francisco Roldán och Pedro de Castro gjordes nya ritningar i renässansstil.

Byggandet av byggnaden började så småningom 1921 under ledning av Antonio R. Barceló. Byggandet avbröts dock efter avslutad första nivå. När Finlayson blev sjuk ersattes han av Rafael Carmoega som tillsammans med arkitekter Joseph O ”Kelly, William Schimmelpfennig, Harry Pembleton, Albert Nichols, Luis F. Pina och Gonzalo Fernós Maldonado, gjorde en annan design för att avsluta strukturen.

Deras design innehöll några av elementen från Perkins” s original design, inklusive kupolen. Modellen för den centrala strukturen och kupolen var den för Low Memorial Library vid Columbia University.

Byggnaden invigdes den 11 februari 1929 med det första mötet med Lagstiftning Iive-församlingen äger rum tre dagar senare.

Det listades i U.S. National Register of Historic Places 1977 som El Capitolio de Puerto Rico.