Jordbävningar och ångexplosioner tillkännagav återuppvaknande av Mount Pinatubo 1991 och förvånade många geologer eftersom Pinatubo inte ens listades i världens katalog vulkaner. Detta berg (vid den tiden med en höjd av 1745 meter eller 5725 fot) saknade den klassiska koniska formen av en vulkan eftersom erosion hade huggit sin topp i en trasig ås med branta djungeltäckta sluttningar, och det fanns ingen skriftlig registrering av någon utbrott. Ändå tog forskare vid det filippinska institutet för vulkanologi och seismologi (PHIVOLCS) väckandet av Pinatubo på allvar, med vetskap om att ju längre vilan mellan utbrott, desto farligare kan en vulkan vara. Området kring vulkanen inkluderade tätbefolkade regioner. Clark Air Base, en stor amerikansk flygvapenbas på Filippinerna, anslöt sig också till vulkanen.

Utbrottet utvecklades i flera steg. Den 15 mars 1991 började en svärm av små, lokalt urskiljbara jordbävningar på den nordvästra sidan av Pinatubo. Den 2 april öppnade ångexplosioner tre stora ång- och svavelgasöppningar, eller fumaroler, längs en spricka på 3 km (1,9 mil) lång högt på vulkanens norra sida. Evakuering av invånare som bor inom en radie på 10 km från toppmötet rekommenderades. Genom april och maj registrerade ett nätverk av seismometrar som inrättats av PHIVOLCS mellan 30 och 180 små jordbävningar per dag . I slutet av april utvidgades det seismiska nätverket i samband med U.S. Geological Survey för att ge en bättre bestämning av de pågående jordbävningarnas episoder och djup. Luftburna mätningar av svaveldioxid (SO2) från fumaroler inleddes den 13 maj och mätningarna visade att SO2-utsläppen ökade från 500 ton (551 kort ton) per dag till mer än 5000 ton (5511 kort ton) per dag senast den 28 maj.

Den 1 juni började en ny jordskalvsvärm på grunt djup cirka 1 km nordväst om toppmötet, vilket tyder på att magma skapade sprickor när den tvingade upp en ledning mot ytan från magmakammaren under vulkanen. Den 3 juni signalerade en liten explosion början på ett nytt aktivitetsskede. Mindre intermitterande utbrott av aska började vid toppområdet och en tiltmätare högt på vulkanens östra sida började luta sig utåt. Den 7 juni nådde ett utbrott av ånga och aska en höjd av 7 till 8 km (4,3 till 5 mil), och nästa morgon bekräftade en observatör i en helikopter att magma verkligen hade nått ytan. Från 8 juni till 12 juni ökade askutbrott och grunda jordbävningar. Varningsnivån höjdes till ”utbrott pågår” och evakueringsradien förlängdes till 20 km från toppmötet. Cirka 25 000 invånare lämnade och Clark Air Base evakuerade 14 500 personer.

The första stora explosiva utbrott inträffade på morgonen den 12 juni; det varade ungefär en timme och genererade en kolonn av vulkanisk gas och aska 20 km (12 miles) hög. Riskradien ökades till 30 km (19 miles) och det totala antalet av evakuerade ökade till cirka 60 000 människor. En annan stor explosion inträffade under natten den 12 juni, följt av ytterligare fem under de närmaste två dagarna. Utbrottets karaktär förändrades den 14 juni med ökande produktion av pyroklastiska flöden. Observation av vulkanen hindrades i hög grad av ankomsten av en stor tyfon den 15 juni. Tio explosiva explosionsutbrott inträffade under natten och morgonen den dagen, men lite kunde ses.

Klimatutbrottet började tidigt på eftermiddagen av 15. juni. Synlig observation s var omöjliga på grund av vindar och regn från tyfonen, men seismograf-, barograf- och satellitobservationer registrerade det näst största utbrottet under 1900-talet – endast överskridits av den gigantiska utbrottet 1912 i Novarupta nära Mount Katmai i Alaska. Det enorma utbrottet av Plinian-typ av Pinatubo varade i cirka nio timmar. Vid mitten av eftermiddagen inkluderade förhållanden runt vulkanen mörker, fallande aska och pimpstenar så stora som 4 cm (1,6 tum) i diameter, kraftiga vindar och kraftigt regn, blixtar och jordbävningar. Stora markskakningar kändes ungefär var 10: e till 15: e minut. Satellitbilder visade att ett gigantiskt, paraplyformat utbrottsmoln hade bildats som var 400 km (250 miles) i diameter och 34 km (21 miles) högt på sin topp. Askfallet från detta moln täckte ett område på 7500 kvadratkilometer (2900 kvadratkilometer) till ett djup av 1 cm (0.4 tum) eller mer med våt, grå ask och pimpsten; den maximala tjockleken var cirka 50 cm (20 tum) några kilometer sydväst om ventilationsområdet. Askvolymen var cirka 5 kubik km (1,2 kubikmil). De flesta av de 300 dödsfall som orsakades direkt av utbrottet var resultatet av att tak och byggnader kollapsade från vikten av våt aska. —Svept ner flankerna av Pinatubo så långt som 16 km (10 miles) från dess gamla toppmöte. Dessa starkt heta aska strömmar steriliserade 400 kvadratkilometer mark runt vulkanen och fyller dalar med höga temperaturavlagringar så mycket som 200 meter (660 fot) tjocka. Översvämningar från tyfonregnen krossade den lösa vulkanaska och de pyroklastiska avsättningarna och hällde tjocka lera flöden längs alla strömmar och floddalar runt berget. I åratal efter utbrottet, då kraftigt regn och översvämningar urholkade de tjocka pyroklastiska avlagringarna, återkommande leraflöden begravde städer och gårdsfält, förstörde vägar och broar och fördrev mer än 100 000 människor. SO2-gas injicerades i stratosfären av Pinatubos moln med högt utbrott. Detta bildade en aerosol av små sulfatdroppar som, med det extremt fina vulkaniska dammet, kretsade runt jorden på cirka tre veckor och minskade solstrålningen till jordens yta. Detta stratosfäriska disskikt minskade under de närmaste tre åren och orsakade uppenbarligen en genomsnittlig kylning av 0,4 ° C (0,7 ° F) av jordens klimat 1992–93.