Terremotos e explosões de vapor anunciaram o despertar do Monte Pinatubo em 1991, surpreendendo muitos geólogos porque Pinatubo nem mesmo estava listado em catálogos do mundo vulcões. Esta montanha (na época tendo uma elevação de 1.745 metros, ou 5.725 pés) não tinha a forma cônica clássica de um vulcão porque a erosão esculpiu seu cume em uma crista irregular com encostas íngremes cobertas de selva, e não havia nenhum registro escrito de qualquer erupções. No entanto, cientistas do Instituto Filipino de Vulcanologia e Sismologia (PHIVOLCS) levaram muito a sério o despertar do Pinatubo, sabendo que quanto mais longo o repouso entre as erupções, mais perigoso pode ser um vulcão. A área ao redor do vulcão inclui regiões densamente povoadas. A Base Aérea de Clark, uma importante base da Força Aérea dos EUA nas Filipinas, também ficava ao lado do vulcão.

A erupção desenvolveu-se em vários estágios. Em 15 de março, 1991, um enxame de pequenos terremotos localmente discerníveis começou no lado noroeste de Pinatubo. Em 2 de abril, explosões de vapor abriram três grandes saídas de vapor e gás sulfuroso, ou fumarolas, ao longo de uma fissura de 3 km (1,9 milhas) de comprimento no alto do flanco norte do vulcão. Recomenda-se a evacuação dos residentes que vivem em um raio de 10 km (6 milhas) do cume. Durante abril e maio, uma rede de sismômetros montada pela PHIVOLCS registrou entre 30 e 180 pequenos terremotos por dia . No final de abril, a rede sísmica foi expandida em conjunto com o U.S. Geological Survey para fornecer uma melhor determinação dos epicentros e profundidades dos terremotos em curso. As medições aéreas de gás dióxido de enxofre (SO2) das fumarolas foram iniciadas em 13 de maio, e as medições mostraram que as emissões de SO2 aumentaram de 500 toneladas métricas (551 toneladas curtas) por dia para mais de 5.000 toneladas métricas (5.511 toneladas curtas) por dia em 28 de maio.

Em 1 de junho, um novo enxame de terremotos começou em profundidades rasas cerca de 1 km (0,6 milhas) a noroeste do cume, indicando que o magma estava criando fraturas ao forçar a abertura de um conduto em direção à superfície da câmara de magma abaixo do vulcão. Em 3 de junho, uma pequena explosão sinalizou o início de uma nova etapa de atividade. Erupções menores e intermitentes de cinzas começaram na área do cume, e um medidor de inclinação alto no lado leste do vulcão começou a se inclinar para fora. Em 7 de junho, uma erupção de vapor e cinzas atingiu uma altura de 7 a 8 km (4,3 a 5 milhas) e, na manhã seguinte, um observador em um helicóptero confirmou que o magma havia de fato atingido a superfície. De 8 a 12 de junho, as erupções de cinzas e terremotos superficiais aumentaram. O nível de alerta foi aumentado para “erupção em andamento” e o raio de evacuação foi estendido para 20 km (12 milhas) do cume. Cerca de 25.000 residentes partiram e a Base Aérea de Clark evacuou 14.500 pessoas.

O a primeira grande erupção explosiva ocorreu na manhã de 12 de junho; durou cerca de uma hora e gerou uma coluna de gás vulcânico e cinzas de 20 km (12 milhas) de altura. O raio de perigo foi aumentado para 30 km (19 milhas) e o número total de evacuados aumentou para cerca de 60.000 pessoas. Outra grande explosão ocorreu durante a noite de 12 de junho, seguida por mais cinco nos dois dias seguintes. O caráter das erupções mudou em 14 de junho, com aumento da produção de fluxos piroclásticos. Observação do vulcão foi grandemente prejudicada pela chegada de um grande tufão em 15 de junho. Dez erupções explosivas bem espaçadas ocorreram durante a noite e pela manhã daquele dia, mas pouco pôde ser visto.

A erupção climática começou no início da tarde de 15 de junho. Observação visível s eram impossíveis por causa dos ventos e da chuva trazidos pelo tufão, mas sismógrafos, barógrafos e observações de satélite registraram a segunda maior erupção do século 20 – superada apenas pela erupção gigante de Novarupta em 1912, perto do Monte Katmai, no Alasca. A enorme erupção do tipo Plinian de Pinatubo durou cerca de nove horas. No meio da tarde, as condições ao redor do vulcão incluíam escuridão total, cinzas caindo e pedaços de pedra-pomes de até 4 cm de diâmetro, ventos fortes e chuva forte, relâmpagos e terremotos. Grandes tremores de solo foram sentidos a cada 10 a 15 minutos. Imagens de satélite mostraram que uma nuvem de erupção gigante em forma de guarda-chuva se formou com 400 km (250 milhas) de diâmetro e 34 km (21 milhas) de altura em seu ápice. A queda de cinzas desta nuvem cobriu uma área de 7.500 km quadrados (2.900 milhas quadradas) a uma profundidade de 1 cm (0.4 polegadas) ou mais com cinza úmida e cinza e pedra-pomes; a espessura máxima era de cerca de 50 cm (20 polegadas) alguns quilômetros a sudoeste da área de ventilação. O volume de cinzas era de cerca de 5 km cúbicos (1,2 milhas cúbicas). A maioria das 300 mortes causadas diretamente pela erupção foi o resultado de telhados e edifícios desabando com o peso das cinzas úmidas.

Durante a erupção gigante, enormes fluxos piroclásticos – misturas de cinzas quentes e gases mais densos que o ar – varreu os flancos do Pinatubo até 16 km (10 milhas) de seu antigo cume. Esses fluxos de cinzas intensamente quentes esterilizaram 400 km quadrados (154 milhas quadradas) de terra ao redor do vulcão, enchendo vales com depósitos de alta temperatura de até 200 metros (660 pés) de espessura. As inundações das chuvas de tufão agitaram as cinzas vulcânicas soltas e os depósitos piroclásticos e despejaram grossos fluxos de lama em todos os riachos e vales dos rios ao redor da montanha. Durante anos após a erupção, à medida que chuvas fortes e inundações erodiam os depósitos piroclásticos espessos, fluxos de lama recorrentes enterraram cidades e campos agrícolas, destruíram estradas e pontes e deslocaram mais de 100.000 pessoas.

Cerca de 17 milhões de toneladas de O gás SO2 foi injetado na estratosfera pela nuvem de alta erupção do Pinatubo. Isso formou um aerossol de minúsculas gotículas de sulfato que, com a poeira vulcânica extremamente fina, circulou o globo em cerca de três semanas e reduziu a radiação solar que atingia a superfície da Terra. Esta camada de névoa estratosférica diminuiu durante os próximos três anos e aparentemente causou um resfriamento médio de 0,4 ° C (0,7 ° F) do clima da Terra durante 1992-93.