Zmiany fizjograficzne
W 1960 roku powierzchnia Morza Aralskiego znajdowała się 175 stóp (53 metry) nad poziomem morza i pokrywała powierzchni około 26 300 mil kwadratowych (68 000 km kwadratowych). Największy zasięg Morza Aralskiego z północy na południe wynosił prawie 270 mil (435 km), natomiast ze wschodu na zachód – nieco ponad 180 mil (290 km). Chociaż średnia głębokość wynosiła około 53 stóp (16 metrów), opadła ona maksymalnie do 226 stóp (69 metrów) od zachodniego brzegu. Północny brzeg morza – w niektórych miejscach wysoki, w innych niski – był poprzecinany kilkoma dużymi zatokami. Nisko położone i nieregularne wschodnie wybrzeża zostały przerwane na północy przez ogromną deltę Syr-darii, a od południa graniczyły z szerokim pasmem płytkiej wody. Równie rozległa delta Amu-daria leżała na południowym brzegu jeziora, a wzdłuż zachodnich obrzeży jeziora rozciągała się prawie nieprzerwana wschodnia krawędź płaskowyżu Ustyurt o wysokości 820 stóp (250 metrów).
Począwszy od około 1960 roku, poziom wody w Morzu Aralskim był systematycznie i drastycznie obniżany z powodu przekierowywania wód z rzek Amu-daria i Syr-daria do celów nawadniania w rolnictwie. Gdy rząd radziecki przekształcił duże areały pastwisk lub nieużytków na terenach dzisiejszego Uzbekistanu, Kazachstanu, Turkmenistanu i innych części Azji Środkowej w nawadniane pola uprawne, wykorzystując wody Amu-darii, Syr-darii i ich dopływów, ilość wody z tych rzek, które dotarły do Morza Aralskiego, odpowiednio spadły. XX wieku, w miesiącach letnich, dwie wielkie rzeki praktycznie wyschły, zanim dotarły do jeziora. Morze Aralskie zaczęło szybko się kurczyć z powodu wyparowywania jego nieuznawianych obecnie wód.
Do 1989 roku Morze Aralskie cofnęło się, tworząc dwie oddzielne części, „Wielkie Morze” na południu i „Małe Morze” ”Na północy, z których każdy miał prawie trzykrotnie większe zasolenie niż morza w latach pięćdziesiątych. Do 1992 roku łączna powierzchnia dwóch części Morza Aralskiego została zmniejszona do około 13 000 mil kwadratowych (33 800 km kwadratowych), a średni poziom powierzchni spadł o około 50 stóp (15 metrów). Rządy państw otaczających Morze Aralskie próbowały wprowadzić politykę zachęcającą do mniej wodochłonnych praktyk rolniczych w regionach na południe i wschód od jeziora, uwalniając w ten sposób więcej wód Amu-darii i Syr-darii do jeziora i ustabilizować poziom wody. Dzięki tej polityce udało się nieco zmniejszyć zużycie wody, ale nie do poziomu niezbędnego do wywarcia znaczącego wpływu na ilość wody docierającej do Morza Aralskiego. W 1994 r. Te same państwa – Kazachstan, Turkmenistan i Uzbekistan, a także Kirgistan i Tadżykistan – powołały wspólny komitet koordynujący wysiłki na rzecz ratowania Morza Aralskiego. Trudność w koordynowaniu jakiegokolwiek planu między konkurującymi państwami utrudniała jednak postęp.
Pod koniec stulecia Morze Aralskie rozpadło się na trzy oddzielne jeziora: Wielkie Morze podzieliło się na długie, wąskie, zachodnie jezioro i większe, szersze, wschodnie jezioro z pozostałościami Morza Małego na północy. Poziom wody spadł do 125 stóp (36 metrów) nad poziomem morza, a objętość wody została zmniejszona o trzy czwarte tego, czym była w 1960 r. Prawie żadna woda z Amu-darii i Syr-darii nie docierała już do Morza Aralskiego. Na początku XXI wieku wschodnia część Morza Aralskiego ucierpiała najbardziej drastycznie i natychmiastowo – zmniejszając się o nasze piąte w latach 2006–2009. Bank Światowy sfinansował budowę zapory Kok-Aral (ukończonej w 2005 r.) oraz projekty wzdłuż Syr-Darii, które wydawały się chronić północną część morza. Jednak część południowa – zarówno płaty wschodnie, jak i zachodnie, ale przede wszystkim wschodnia – nadal kurczyła się, pomimo napływu wody z północy. Po 2010 roku płat wschodni całkowicie wysechł.