Zniszczenie Kolumbii, po którym prawie dokładnie 17 lat straciło Challengera w wypadku podczas startu 28 stycznia 1986 roku. Jak na ironię, wkrótce ustalono, że przyczyna katastrofy w Kolumbii jest również związana ze startem. Filmy pokazały, że kawałek pianki izolacyjnej oderwał się od zewnętrznego zbiornika paliwa pędnego i uderzył w przednią krawędź lewego skrzydła około 81 sekund po starcie. Kawałki piany oderwały się w poprzednich misjach bez poważnego nieszczęśliwego wypadku, a podczas startu z Columbii inżynierowie National Aeronautics and Space Administration (NASA) nie sądzili, że piana ta ma wystarczający pęd, aby spowodować znaczne uszkodzenia. W rzeczywistości, jak wykazano w testach powypadkowych, pianka była w stanie przebić duży otwór we wzmocnionych płytach izolacyjnych z węgla i węgla, które chroniły dziób i przednie krawędzie wahadłowca przed ekstremalnym ciepłem atmosferycznym. Chociaż niektórzy inżynierowie chcieli, aby kamery naziemne zrobiły zdjęcia krążącego promu w celu wyszukania uszkodzeń, prośba nie dotarła do właściwych urzędników.

Podczas ponownego wejścia do atmosfery Kolumbii gorące gazy przedostały się do uszkodzonej sekcji płytek i stopił główne elementy konstrukcyjne skrzydła, które ostatecznie się zawaliło. Dane z pojazdu wskazywały na wzrost temperatury na odcinkach lewego skrzydła już o 8:52 rano, chociaż załoga wiedziała o ich sytuacji być może tylko na minutę przed rozpadem pojazdu. Późniejsze dochodzenie przeprowadzone przez NASA i niezależną Columbia Accident Investigation Board ujawniło szereg niedociągnięć kierowniczych, oprócz bezpośredniego powodu technicznego (słaba kontrola produkcji izolacji zbiornika i inne wady), które umożliwiły wypadek.

Najbardziej widocznym skutkiem wypadku było uziemienie pozostałych trzech wahadłowców – Discovery, Atlantis i Endeavour (ostatni zbudowany w celu zastąpienia Challengera) – do czasu, gdy NASA i jej kontrahenci mogli opracować środki zapobiegania podobnym wypadkom, w tym zestawy do napraw na orbicie.

Montaż Międzynarodowej Stacji Kosmicznej (ISS) na orbicie Ziemi został zawieszony po wypadku w Kolumbii do czasu wznowienia lotów wahadłowych. Ograniczone badania na ISS zostały przeprowadzone przez rotacyjne dwuosobowe załogi wystrzelone z rosyjskiego statku kosmicznego Sojuz. Prom wrócił w kosmos dopiero po misji STS-114, która wystartowała 26 lipca 2005 roku.