Pierwsza kobieta pełniąca funkcję Sekretarza Stanu
W 1996 Clinton nominowała Albright na sekretarza stanu, a Senat USA jednogłośnie potwierdził jej nominację. 23 stycznia 1997 r. Madeleine Albright została zaprzysiężona na sekretarza stanu. Została najwyżej rangą kobietą w rządzie Stanów Zjednoczonych.
Krótko po bierzmowaniu kuzynka Albrighta, Dasha Sima, ujawniła dziennikarzom z Washington Post, że rodzina Albright była czechosłowackimi Żydami, a nie katolikami, jak sądziła, i że troje jej dziadków zginęli w obozach koncentracyjnych. Przed II wojną światową (1939–45) nazistowski rząd w Niemczech założył obozy koncentracyjne, w których przetrzymywano ludzi, których uważali za wrogów państwa. Ostatecznie grupy mniejszościowe, w tym Żydzi, zostali zmuszeni do tych obozów, w których wiele osób zginęło w trakcie wojny. (Albright był cytowany w Newsweeku jako powiedzenie: „Byłem dumny z dziedzictwa, o którym wiedziałem i będę równie dumny z dziedzictwa, które właśnie otrzymałem”. Kilka miesięcy później Albright poleciał do Pragi i został uhonorowany przez prezydenta Republiki Czeskiej Vaclava Havla (1936–).
Jesienią 1997 r. Albright rozpoczął misję pokojową na Bliskim Wschodzie, najpierw spotkał się z premierem Izraela Benjaminem Netanjahu (1949–), a następnie z Palestyńczykiem przywódca Jasir Arafat (1929–), prezydent Syrii Hafez al-Assad (1930–2000), prezydent Egiptu Hosny Mubarak (1928–), król Fahd ibn Abdul Aziz z Arabii Saudyjskiej (1922–) i król Jordanii Hussein (1935– 1999). Albright potępił działalność terrorystyczną, wezwał Netanjahu do poczynienia pewnych ustępstw na rzecz Palestyńczyków, a następnie przyrzekł nie spotykać się ponownie z przywódcami izraelskimi i palestyńskimi, dopóki nie będą „gotowi do podjęcia trudnych decyzji”. Wschód – tym razem rozmowy nowego premiera Izraela Ehu d Barak (1942–) i Arafat zakończyli, gdy Barak powiedział, że bierze przerwę w procesie pokojowym.
Albright przeszła do historii dzięki swojej wizycie u przywódcy Korei Północnej Kim Jong II (1941–), 23 października 2000 r. Została pierwszą sekretarz stanu USA, która odwiedziła Koreę Północną.
