Shipyard startet først i 1992 som Kennebunkport Brewing Co. med grunnleggerne Fred Forsley og Alan Pugsley på Federal Jacks Restaurant og Brew Pub i Kennebunk, som er en av Maines originale brygge puber og arbeidsbryggerier. I løpet av to år overgikk etterspørselen etter øl fra Kennebunkport Brewing Co. den lille virksomheten, og i april 1994 utvidet og åpnet forretningsmann Fred Forsley og brygger Alan Pugsley Shipyard Brewing Company i hjertet av havnefronten i Portland, Maine på stedet til det tidligere Crosby Laughlin-støperiet.

I 2008 brygget Shipyard Brewing Company 81641 fat ale og sendte 2900 fat brus. Produktene er tilgjengelige i 40 stater.

Shipyard driver flere restauranter og kontraktsbryggerier, og er aktiv i mange samfunnsprosjekter rundt New England. Shipyard er partnere med Sea Dog Brewing Company og Casco Bay Brewing Company. Shipyard produserer også øl på kontrakt for Gritty McDuff’s Br ewing Company, brygger en amerikansk versjon av Old Thumper på lisens fra Ringwood Brewery, og distribuerer Capt «n Elis Soda-serie med brus.

Verftet som tidligere ble brygget på Shipyard Emporium i Winter Park, Florida .