Erdbeben und Dampfexplosionen kündigten 1991 das Wiedererwachen des Mount Pinatubo an, was viele Geologen überraschte, da Pinatubo nicht einmal in den Katalogen der Welt aufgeführt war Vulkane. Diesem Berg (zu dieser Zeit mit einer Höhe von 1.745 Metern oder 5.725 Fuß) fehlte die klassische konische Form eines Vulkans, da die Erosion seinen Gipfel in einen zerklüfteten Kamm mit steilen, mit Dschungel bedeckten Hängen geschnitzt hatte und es keine schriftlichen Aufzeichnungen darüber gab Eruptionen. Dennoch nahmen Wissenschaftler des philippinischen Instituts für Vulkanologie und Seismologie (PHIVOLCS) das Erwachen von Pinatubo sehr ernst und wussten, dass ein Vulkan umso gefährlicher sein kann, je länger die Ruhe zwischen den Eruptionen ist. Das Gebiet um den Vulkan umfasste dicht besiedelte Regionen. Die Clark Air Base, eine wichtige US Air Force Base auf den Philippinen, stieß ebenfalls an den Vulkan.
Der Ausbruch entwickelte sich in mehreren Stadien. Am 15. März 1991 begann auf der Nordwestseite von Pinatubo ein Schwarm kleiner, lokal erkennbarer Erdbeben. Am 2. April eröffneten Dampfexplosionen drei große Dampf- und Schwefelgasentlüftungsöffnungen oder Fumarolen entlang eines 3 km langen Risses Hoch an der Nordflanke des Vulkans. Die Evakuierung von Bewohnern in einem Umkreis von 10 km um den Gipfel wurde empfohlen. Bis April und Mai zeichnete ein von PHIVOLCS eingerichtetes Netzwerk von Seismometern zwischen 30 und 180 kleine Erdbeben auf pro Tag . Ende April wurde das seismische Netzwerk in Verbindung mit dem US-amerikanischen Geological Survey erweitert, um die Epizentren und Tiefen der laufenden Erdbeben besser bestimmen zu können. Luftmessungen von Schwefeldioxid (SO2) aus den Fumarolen wurden am 13. Mai gestartet, und die Messungen zeigten, dass die SO2-Emissionen von 500 Tonnen (551 kurze Tonnen) pro Tag auf mehr als 5.000 Tonnen (5.511 kurze Tonnen) pro Tag anstiegen bis 28. Mai.
Am 1. Juni begann ein neuer Erdbebenschwarm in geringen Tiefen etwa 1 km nordwestlich des Gipfels, was darauf hinweist, dass Magma Brüche verursachte, als es eine Leitung zur Oberfläche hin öffnete aus der Magmakammer unter dem Vulkan. Am 3. Juni signalisierte eine kleine Explosion den Beginn einer neuen Aktivitätsstufe. Im Gipfelbereich begannen geringfügige, zeitweise auftretende Ascheausbrüche, und ein Neigungsmesser hoch auf der Ostseite des Vulkans begann sich nach außen zu lehnen. Am 7. Juni erreichte ein Ausbruch von Dampf und Asche eine Höhe von 7 bis 8 km (4,3 bis 5 Meilen), und am nächsten Morgen bestätigte ein Beobachter in einem Hubschrauber, dass Magma tatsächlich die Oberfläche erreicht hatte. Vom 8. bis 12. Juni nahmen Ascheausbrüche und flache Erdbeben zu. Die Alarmstufe wurde auf „Ausbruch im Gange“ angehoben, und der Evakuierungsradius wurde auf 20 km (12 Meilen) vom Gipfel aus erweitert. Ungefähr 25.000 Einwohner verließen das Land, und die Clark Air Base evakuierte 14.500 Menschen.
Die Der erste große Explosionsausbruch ereignete sich am Morgen des 12. Juni, dauerte ungefähr eine Stunde und erzeugte eine 20 km hohe Säule aus Vulkangas und Asche. Der Gefahrenradius wurde auf 30 km und die Gesamtzahl erhöht Die Zahl der Evakuierten stieg auf etwa 60.000. Eine weitere große Explosion ereignete sich in der Nacht zum 12. Juni, gefolgt von fünf weiteren in den nächsten zwei Tagen. Der Charakter der Eruptionen änderte sich am 14. Juni mit zunehmender Produktion pyroklastischer Strömungen. Beobachtung des Vulkans wurde durch die Ankunft eines großen Taifuns am 15. Juni stark behindert. In der Nacht und am Morgen dieses Tages traten zehn eng beieinander liegende explosive Eruptionen auf, aber es war wenig zu sehen.
Die klimatische Eruption begann am frühen Nachmittag vom 15. Juni. Sichtbare Beobachtung s waren wegen des vom Taifun verursachten Windes und Regens unmöglich, aber Seismographen, Barographen und Satellitenbeobachtungen verzeichneten den zweitgrößten Ausbruch des 20. Jahrhunderts – übertroffen nur durch den riesigen Ausbruch von Novarupta 1912 in der Nähe des Mount Katmai in Alaska. Der gewaltige Ausbruch von Pinatubo nach plinischem Vorbild dauerte etwa neun Stunden. Bis zum Nachmittag waren die Bedingungen rund um den Vulkan stockfinster, fallende Asche und Bimssteinklumpen mit einem Durchmesser von bis zu 4 cm, starker Wind und starker Regen, Blitzschläge und Erdbeben. Etwa alle 10 bis 15 Minuten waren starke Bodenzittern zu spüren. Satellitenbilder zeigten, dass sich eine riesige, schirmförmige Eruptionswolke gebildet hatte, deren Durchmesser 400 km (250 Meilen) und deren Spitze 34 km (21 Meilen) hoch war. Der Aschefall von dieser Wolke bedeckte eine Fläche von 7.500 Quadratkilometern bis zu einer Tiefe von 1 cm.4 Zoll) oder mehr mit nasser, grauer Asche und Bimsstein; Die maximale Dicke betrug etwa 50 cm (20 Zoll) einige Kilometer südwestlich des Entlüftungsbereichs. Das Aschevolumen betrug etwa 5 Kubikkilometer. Die meisten der 300 Todesfälle, die direkt durch den Ausbruch verursacht wurden, waren das Ergebnis des Zusammenbruchs von Dächern und Gebäuden aufgrund des Gewichts nasser Asche.
Während des riesigen Ausbruchs strömten riesige pyroklastische Ströme – Gemische aus heißer Asche und Gasen, die dichter als Luft sind – die Flanken von Pinatubo bis zu 16 km von seinem alten Gipfel entfernt. Diese intensiv heiße Asche fließt sterilisiert 400 Quadratkilometer Land um den Vulkan herum und füllt Täler mit Hochtemperaturablagerungen mit einer Dicke von bis zu 200 Metern. Überschwemmungen durch den Taifunregen wirbelten die lose Vulkanasche und die pyroklastischen Ablagerungen auf und gossen dicke Schlammströme über alle Bäche und Flusstäler rund um den Berg. Für Jahre nach dem Ausbruch, als starke Regenfälle und Überschwemmungen die dicken pyroklastischen Ablagerungen erodierten, begruben wiederkehrende Schlammströme Städte und landwirtschaftliche Felder, zerstörten Straßen und Brücken und vertrieben mehr als 100.000 Menschen.
Schätzungsweise 17 Millionen Tonnen SO2-Gas wurde durch Pinatubos hohe Eruptionswolke in die Stratosphäre injiziert. Dies bildete ein Aerosol aus winzigen Sulfattröpfchen, das mit dem extrem feinen Vulkanstaub in etwa drei Wochen den Globus umkreiste und die Sonnenstrahlung reduzierte, die die Erdoberfläche erreichte. Diese stratosphärische Trübungsschicht nahm in den nächsten drei Jahren ab und verursachte zwischen 1992 und 1993 offenbar eine durchschnittliche Abkühlung des Erdklimas um 0,4 ° C. ( ° F).