• 1 Introduction
• 2 Structure
• 3 Fonction
• 4 Structures 3D de la transcriptase inverse

Introduction

Transcriptase inverse (RT) ou ADN polymérase dépendante de l’ARN transcrit l’ARN simple brin en ADN double brin. Le VIH-1 RT provient du virus de l’immunodéficience humaine et est un hétérodimère des sous-chaînes P66 et P51. P15 est son domaine RNAse H. Il existe deux types d’inhibiteurs de la RT: les INNTI sont les inhibiteurs non nucléosidiques et les INTI sont les inhibiteurs nucléoïdes. Étant la protéine qui donne son nom aux rétrovirus, la transcriptase inverse est, avec la protéase et l’intégrase, la partie la plus importante du système protéique impliqué dans le processus d’infection et de reproduction pour des virus comme le VIH, le MuLV et l’AMV. RT a la propriété inhabituelle de transcrire l’ARNsb en ADNdb allant à l’encontre du dogme central de la biologie moléculaire.Depuis sa découverte en 1970, l’étude de ses propriétés et mécanismes d’action a suscité un grand intérêt parmi la communauté scientifique en raison des propriétés uniques qui en font c’est une enzyme cible médicale importante et un outil important pour les applications de génie génétique comme la RT-PCR dans la construction de bibliothèques d’ADNc. Voir aussi

• Transcription et traitement de l’ARN
• Transcriptase inverse du VIH-1 en complexe avec la névirapine
• Phl p 2
• Transcriptase inverse du VIH-1 résistant à l’AZT
• Sous-unité catalytique de T. Castaneum TERT Polymerase.
• Telomerase Reverse Transcriptase
• Transcriptase inverse (hébreu)

La transcriptase inverse est l’une des molécules CBI étudiées dans l’interface chimie-biologie de l’Université du Massachusetts à Amherst Programme à UMass Amherst (voir Transcriptase inverse du VIH (UMass Chem 423 Student Projects 2011-2)) et exposé au Molecular Playground.

Structure

Cette protéine en forme de main a une longueur habituelle de 1000 résidus (560 dans la chaîne A (montré en rouge) et 440 pour B (en vert)), un tiers d’entre eux impliqués dans les hélices alpha et près d’un quart dans les feuillets bêta, montrant les domaines α + β. a un poids habituel de 66KDa alors qu’il est d’environ 51KDa. Ces monomères sont dérivés du même gène, mais p51 n’a pas les acides aminés d’un site actif et a une conformation de structure tertiaire différente par rapport à p66. Pour cette raison, p51 est enzymatiquement inactif. Il existe cinq structures distinctes dans la sous-chaîne p66 qui sont utilisées pour décrire les fonctions de RT: les doigts (résidus 1–85 et 118–155), la paume (résidus 86–117 et 156 –236), le pouce (résidus 237–318), la connexion (319–426) et la RNase H (résidus 427-extrémité). Le palmier contient le principal site actif (résidus 110, 185-186).

Fonction

En tant qu’ARN -Dépendante de l’ADN polymérase, la transcriptase inverse est capable de reconnaître l’ARN initial, de le transcrire en ADNsb, de cliver l’ARN restant puis de construire l’ADNdb. Pour ce faire, la protéine possède deux zones catalytiques actives. La chaîne A a le qui se compose de deux domaines en forme de doigt: l’un d’eux reconnaît l’acide nucléique initial par des interactions de liaison h avec les groupes phosphate des chaînes latérales, puis les deux domaines font un changement de conformation fermant le trou de reconnaissance pour permettre au deuxième domaine avec le support un système de coordination pour commencer le processus de transcription en ajoutant les nucléotides d’ADN spécifiques. Ce changement est autorisé par un entre les deux domaines précédents; il est utilisé comme site cible pharmaceutique commun afin d’empêcher le changement et donc d’inhiber l’activité. Cette zone est la seule zone de la chaîne A qui contient des acides aminés non conservés, ce qui confère au virus une plus grande résistance aux médicaments Lien vers la base de données Consurf pour l’entrée PDB: 1JLB.

À la même vitesse que le processus de polymérisation autre site actif connu sous le nom de clive l’ARN, libérant l’ADN ss qui revient à travers le site actif de la polymérase pour devenir ADNdb (tout cela avec un système de coordination, qui permet une reconnaissance non spécifique, juste avec des phosphates). Enfin, la chaîne B, malgré la séquence d’acides aminés similaire avec la chaîne A, n’a pas d’activité enzymatique; sa fonction est éventuellement de stabiliser et d’interagir avec les deux sites actifs en faisant varier la longueur entre eux afin de synchroniser les deux fonctions.

C’est l’idée la plus générale du mécanisme d’action de la transcriptase inverse; cependant le processus reste flou et de nouvelles approches sont rapportées.

L’un des principaux problèmes concernant cette protéine par rapport à l’ADN polymérase habituelle (outre la similitude avec le fragment de Klenow), est l’absence de mécanisme de correction (généralement fabriqué par l’ADN PolIII dans l’ADN polymérase); cette carence augmente le nombre d’erreurs, produisant plus de mutations et donnant ainsi plus de faculté et de résistance au virus.

Structures 3D de transcriptase inverse

Structures 3D de transcriptase inverse