John Harvard était le fils d’un boucher et de la fille d’un marchand de bétail et échevin de Stratford-on-Avon. La peste a tué son père et la plupart de ses frères et sœurs en 1625. Sa mère s’est remariée, et John a été envoyé par sa mère et son beau-père à Emmanuel College, Cambridge, en 1627. Il a été diplômé en 1631 et a reçu une maîtrise en 1635. Il se maria en 1636 et s’embarqua pour la Nouvelle-Angleterre l’année suivante.

Le 2 novembre 1637, Harvard devint un homme libre de Charlestown, Massachusetts Bay Colony, où il fut immédiatement reconnu comme un homme savant et pieux. Il a servi comme pasteur adjoint de la première église de Charlestown, et il a été nommé membre du comité pour aider à compiler le corps des libertés.

Harvard avait hérité de biens considérables en Angleterre, et il était plus riche que la plupart de ses contemporains coloniaux. Lorsqu’il mourut de la tuberculose un peu moins d’un an après son arrivée à Charlestown, il laissa une succession d’environ 1 600 £. Dans son testament, il a ordonné que la moitié de son argent, ainsi que sa collection de littérature classique et théologique, soit donnée à une école récemment créée dans la ville voisine de New Towne, qui sera bientôt rebaptisée Cambridge. L’école avait été fondée en 1636 et le don de Harvard en assurait la continuité. En 1639, le tribunal général du Massachusetts a décrété que l’école serait nommée Harvard College en remerciement à son premier grand bienfaiteur.

En 1828, des anciens de Harvard ont érigé un monument en granit à la mémoire de John Harvard et une statue assise du « bienfaiteur toujours mémorable de l’apprentissage et de la religion en Amérique », comme l’appelait Edward Everett , a été donnée à l’Université de Harvard en 1884.