Ensimmäinen nainen ulkoministerinä
Vuonna 1996 Clinton nimitti Albrightin ulkoministeriksi ja Yhdysvaltain senaatti vahvisti yksimielisesti nimityksensä. Madeleine Albright vannosi 23. tammikuuta 1997 ulkoministerinä. Hänestä tuli korkeimman tason nainen Yhdysvalloissa.
Pian vahvistuksen jälkeen Albrightin serkku Dasha Sima paljasti Washington Postin toimittajille, että Albrightin perhe oli ollut Tšekkoslovakian juutalaisia, ei katolilaisia, kuten hän oli uskonut, ja että kolme hänen isovanhempaansa oli kuollut keskitysleireillä. Ennen toista maailmansotaa (1939–45) natsihallitus Saksassa oli perustanut keskitysleirejä pitämään ihmisiä, joiden he näkivät valtion vihollisina. Lopulta vähemmistöryhmät, mukaan lukien juutalaiset, pakotettiin näihin leireihin, joissa monet ihmiset kuolivat sodan aikana. (Albright lainasi Newsweekissä sanomalla: ”Olen ollut ylpeä tuntemastani perinnöstä, ja olen yhtä ylpeä juuri saamastani perinnöstä.” Muutama kuukausi myöhemmin Albright lensi Prahaan ja oli Tšekin tasavallan presidentti Vaclav Havel (1936–) kunnioittaa.
Albright aloitti rauhanoperaation Lähi-idässä syksyllä 1997 ja tapasi ensin Israelin pääministerin Benjamin Netanyahun (1949–) ja sitten palestiinalaisen. johtaja Yasir Arafat (1929–), Syyrian presidentti Hafez al-Assad (1930–2000), Egyptin presidentti Hosny Mubarak (1928–), Saudi-Arabian kuningas Fahd ibn Abdul Aziz (1922–) ja Jordanian kuningas Hussein (1935– Albright tuomitsi terroristitoiminnan, kehotti Netanyahua tekemään alennuksia palestiinalaisille ja vannoi sitten, että hän ei enää tapaisi Israelin ja Palestiinan johtajia, ennen kuin he ovat ”valmiita tekemään kovia päätöksiä”. Heinäkuussa 2000 Albright palasi Keski-Eurooppaan. Tällä kertaa Israelin uuden pääministerin Ehun väliset keskustelut d Barak (1942–) ja Arafat päättyivät, kun Barak sanoi vievänsä aikaa rauhanprosessista.
Albright teki historiaa vierailullaan Pohjois-Korean johtajan Kim Jong II: n (1941–) vierailulle 23. lokakuuta 2000. Hänestä tuli ensimmäinen Yhdysvaltain ulkoministeri, joka vieraili Pohjois-Koreassa.
