Radikaali jälleenrakentaminen
Syksyllä 1866 järjestetyissä kongressivaaleissa pohjoiset äänestäjät kumoivat ylivoimaisesti Johnsonin politiikan. Kongressi päätti aloittaa jälleenrakennuksen uudestaan. Vuoden 1867 jälleenrakennuslaissa jaettiin etelä viiteen sotilaspiiriin ja hahmoteltiin, kuinka uudet hallitukset, jotka perustuvat miehuuteen perustuviin äänioikeuksiin rodusta riippumatta, oli tarkoitus perustaa. Näin alkoi radikaalin tai kongressin jälleenrakennuksen ajanjakso, joka kesti viimeisten eteläisten republikaanien hallitusten loppuun asti vuonna 1877.
Vuoteen 1870 mennessä kaikki entiset liittovaltion valtiot oli otettu takaisin unioniin, ja melkein kaikki olivat republikaanipuolueen valvonnassa. Kolme ryhmää muodostivat eteläisen republikaanisuuden. Kokolattiamatot tai äskettäin saapuneet pohjoisesta olivat entisiä unionin sotilaita, opettajia, Freedmen’s Bureau -asiamiehiä ja liikemiehiä. Toinen suuri ryhmä, scalawagit tai syntyperäiset valkoiset republikaanit, sisälsivät joitain liikemiehiä ja istuttajia, mutta useimmat eivät pitäneet pienviljelijöitä eteläisessä ylämaassa. Uskollisena unionille sisällissodan aikana, he näkivät republikaanipuolueen keinona estää konfederaatteja saamasta valtaa etelässä.
Jokaisessa osavaltiossa afrikkalaiset amerikkalaiset muodostivat valtaosan eteläisistä republikaanien äänestäjistä. Jälleenrakentamisen alusta lähtien mustat konventit ja sanomalehdet kaikkialla etelässä olivat vaatineet laajojen kansalais- ja poliittisten oikeuksien ulottamista afrikkalaisamerikkalaisiin. Musta poliittinen johto koostui niistä, jotka olivat olleet vapaat ennen sisällissotaa, sekä orjaministerit, käsityöläiset ja sisällissodan veteraanit, ja musta poliittinen johto vaati rodun kastijärjestelmän poistamista ja entisten orjien taloudellista kohottamista. Kuusitoista afrikkalaista amerikkalaista palveli jälleenrakennuksen aikana kongressissa – mukaan lukien Hiram Revels ja Blanche K. Bruce Yhdysvaltain senaatissa – yli 600 valtion lainsäätäjissä ja satoja muita paikallisissa toimistoissa sherifistä etelään hajallaan olevaan rauhanoikeuteen. Ns. ”Mustaa ylivaltaa” ei koskaan ollut olemassa, mutta afrikkalaisten amerikkalaisten tulo poliittisen vallan asemiin merkitsi dramaattista katkaisua maan perinteisiin ja herätti jälleenrakennuksen vastustajien katkeraa vihamielisyyttä.
Palvellessaan laajentunutta kansalaisuutta jälleenrakennushallitukset perustivat etelän ensimmäisen valtion rahoittaman julkisen koulujärjestelmän, pyrkivät vahvistamaan plantaasityöntekijöiden neuvotteluvoimaa, tekivät verotuksesta oikeudenmukaisemman ja laittivat rotusyrjinnän joukkoliikenteessä ja majoituksessa. He tarjosivat myös ylenpalttista tukea rautateille ja muille yrityksille toivoen uuden ”uuden etelän” luomista, jonka taloudellinen laajentuminen hyödyttäisi sekä mustia että valkoisia. Mutta talousohjelma synnytti korruptiota ja nousevia veroja, mikä syrjäytti yhä useamman valkoisen äänestäjän.
Samaan aikaan etelän sosiaalinen ja taloudellinen muutos eteni vauhdikkaasti: Mustille vapaus merkitsi riippumattomuutta valkoisesta valvonnasta.Jälleenrakentaminen tarjosi afrikkalaisamerikkalaisille mahdollisuuden vahvistaa perhesiteitään ja luoda itsenäisiä uskonnollisia instituutioita, joista tuli yhteisöllisen elämän keskuksia, jotka säilyivät kauan jälleenrakennuksen päättymisen jälkeen. Entiset orjat vaativat myös taloudellista riippumattomuutta. Mustien toiveet siitä, että liittohallitus toimittaa heille maata, oli herättänyt kenraali William T. Shermanin kenttämääräys nro 15 tammikuu 1865, jossa varattiin suuri maa-alue Etelä-Carolinan ja Georgian rannikolla yksinoikeuteen mustien perheiden asettaminen ja maaliskuussa annettu Freedmen’s Bureau Act, joka antoi toimistolle luvan vuokrata tai myydä hallussaan olevaa maata entisille orjille. Mutta presidentti Johnson määräsi kesällä 1865 liittovaltion käsissä olevan maan palauttamaan entisille omistajilleen. Unelma ”40 hehtaarista ja muulista” syntyi kuolleena. Maan puuttuessa useimmilla entisillä orjilla ei ollut muuta taloudellista vaihtoehtoa kuin työn jatkaminen valkoisten omistamilla viljelmillä. Jotkut työskentelivät palkkojen, toiset osakkeenomistajina, jotka jakoivat sadon omistajan kanssa. Kumpikaan asema ei tarjonnut paljon toivoa taloudellisesta liikkuvuudesta. Vuosikymmenien ajan suurin osa etelänmustista pysyi vailla ja köyhinä.
Jälleenrakennuksen poliittinen vallankumous aiheutti kuitenkin yhä väkivaltaisempaa vastustusta valkoisten eteläisten keskuudessa. Terroriteoita syyllistyneet järjestöt, kuten Ku Klux Klan, kohdensivat paikallisia republikaanien johtajia lyömiseksi tai salamurhaksi. Myös afrikkalaisamerikkalaisista, jotka puolustivat oikeuksiaan tekemisissä valkoisten työnantajien, opettajien, ministereiden ja muiden entisten orjien auttamiseksi, tuli myös kohde. Colfaxissa, Louisianassa, vuonna 1873, lukuisia mustia miliisejä tapettiin antautuessaan aseellisille valkoisille, jotka aikovat tarttua paikallishallinnon hallintaan. Uudet eteläiset hallitukset etsivät yhä enemmän apua Washington DC: ltä.
Vuoteen 1869 mennessä republikaanipuolue hallitsi tiukasti liittovaltion kaikkia kolmea haaraa. Yrittäessään poistaa sotasihteeri Edwin M. Stantonin uuden toimikautta koskevan lain vastaisesti, edustajainhuone oli syyttänyt Johnsonia vuonna 1868. Vaikka senaatti ei yhdellä äänellä onnistunut erottamaan häntä toimistosta, Johnsonin valta estää jälleenrakennuksen kulku oli kadonnut. Republikaanien Ulysses S.Grant valittiin presidentiksi syksyllä (ks. Yhdysvaltojen presidentinvaalit 1868). Pian sen jälkeen kongressi hyväksyi viidentoista muutoksen, joka kielsi valtioita rajoittamasta äänioikeutta rodun takia. Sitten se antoi useita täytäntöönpanosäädöksiä, jotka valtuuttivat kansalliset toimet poliittisen väkivallan tukahduttamiseksi. Vuonna 1871 hallinto aloitti laillisen ja sotilaallisen hyökkäyksen, joka tuhosi Klanin. Grant valittiin uudelleen vuonna 1872 kauden rauhanomaisimmissa vaaleissa.