Jordskælv og dampeksplosioner annoncerede genopvækningen af Mount Pinatubo i 1991 og overraskede mange geologer, fordi Pinatubo ikke engang var opført i verdens kataloger vulkaner. Dette bjerg (på det tidspunkt med en højde på 1.745 meter eller 5.725 fod) manglede den klassiske koniske form af en vulkan, fordi erosion havde hugget sin top ind i en klodset højderyg med stejle jungledækkede skråninger, og der var ingen skriftlig oversigt over nogen udbrud. Ikke desto mindre tog forskere ved det filippinske institut for vulkanologi og seismologi (PHIVOLCS) vækkelsen af Pinatubo meget alvorligt og vidste, at jo længere hviletid mellem udbrud, jo mere farlig kan en vulkan være. Området omkring vulkanen omfattede tætbefolkede regioner. Clark Air Base, en større amerikansk luftvåbenbase i Filippinerne, ankom også vulkanen.

Udbruddet udviklede sig i flere faser. Den 15. marts kl. 1991 begyndte en sværm af små, lokalt skelne jordskælv på den nordvestlige side af Pinatubo. Den 2. april åbnede dampeksplosioner tre store damp- og svovlgasudluftninger, eller fumaroler, langs en revne, der var 3 km lang. højt på den nordlige flanke af vulkanen. Evakuering af beboere, der bor inden for en radius på 10 km fra topmødet, blev anbefalet. Gennem april og maj registrerede et netværk af seismometre oprettet af PHIVOLCS mellem 30 og 180 små jordskælv Per dag . I slutningen af april blev det seismiske netværk udvidet i forbindelse med US Geological Survey for at give en bedre bestemmelse af de igangværende jordskælvs episoder og dybder. Luftbårne målinger af svovldioxidgas fra fumarolerne blev påbegyndt den 13. maj, og målingerne viste, at SO2-emissionerne steg fra 500 tons pr. Dag til mere end 5.000 tons pr. Dag den 28. maj.

Den 1. juni begyndte en ny sværm med jordskælv på lave dybder ca. 1 km nordvest for topmødet, hvilket indikerer, at magma skabte brud, da den tvang en kanal op mod overfladen. fra magmakammeret under vulkanen. Den 3. juni signaliserede en lille eksplosion starten på et nyt aktivitetsstadium. Mindre intermitterende askeudbrud begyndte ved topmødet, og et tiltmeter højt på vulkanens østside begyndte at læne sig udad. Den 7. juni nåede et udbrud af damp og aske en højde på 7 til 8 km (4,3 til 5 miles), og den næste morgen bekræftede en observatør i en helikopter, at magma faktisk var nået til overfladen. Fra 8. juni til 12. juni steg askeudbrud og lave jordskælv. Alarmeringsniveauet blev hævet til “igangværende udbrud”, og evakueringsradius blev udvidet til 20 km (12 miles) fra topmødet. Ca. 25.000 indbyggere forlod, og Clark Air Base evakuerede 14.500 mennesker.

The første store eksplosive udbrud fandt sted om morgenen den 12. juni; det varede omkring en time og genererede en søjle af vulkansk gas og aske 20 km (12 miles) høj. Fare radius blev øget til 30 km (19 miles), og det samlede antal af evakuerede steg til omkring 60.000 mennesker. En anden større eksplosion opstod i løbet af natten den 12. juni efterfulgt af fem flere i løbet af de næste to dage. Udbruddets karakter ændrede sig den 14. juni med stigende produktion af pyroklastiske strømme. Observation af vulkanen blev stærkt forhindret af ankomsten af en større tyfon den 15. juni. Ti eksplosive eksplosive udbrud opstod tæt på natten og morgenen den dag, men meget kunne ikke ses.

Klimaksudbruddet begyndte tidligt på eftermiddagen af 15. juni. Synlig observation s var umulige på grund af vind og regn fra tyfonen, men seismografer, barografer og satellitobservationer registrerede det næststørste udbrud i det 20. århundrede – kun overskredet af det gigantiske 1912-udbrud af Novarupta nær Katmai-bjerget i Alaska. Den enorme udbrud af Plinian-typen i Pinatubo varede omkring ni timer. Midt på eftermiddagen inkluderede forhold omkring vulkanen tonehøjde, faldende aske og pimpstenklumper så store som 4 cm (1,6 tommer) i diameter, kraftig vind og kraftig regn, lynblink og jordskælv. Større jordskælv blev mærket hvert 10. til 15. minut. Satellitbilleder viste, at der var dannet en kæmpe, paraplyformet udbrudssky, der var 400 km (250 miles) i diameter og 34 km (21 miles) høj på sit højdepunkt. Askefaldet fra denne sky dækkede et område på 7.500 kvadratkilometer til en dybde på 1 cm (0.4 tommer) eller mere med våd, grå aske og pimpsten den maksimale tykkelse var ca. 50 cm nogle få kilometer sydvest for udluftningsområdet. Askevolumenet var ca. 5 kubik km (1,2 kubikmil). De fleste af de 300 dødsfald, der var forårsaget direkte af udbruddet, var resultatet af tag og bygninger, der kollapsede fra vægten af våd aske. —Svejet ned ad fladerne af Pinatubo så langt som 16 km fra dets gamle topmøde. Disse intenst varme aske strømmer steriliseret 400 kvadratkilometer jord rundt om vulkanen og fylder dale med højtemperaturaflejringer så meget som 200 meter (660 fod) tykke. Oversvømmelser fra tyfonregnen spærrede den løse vulkanske aske og de pyroklastiske aflejringer op og hældte tykke mudderstrømme ned gennem alle vandløb og floddale omkring bjerget. I årevis efter udbruddet, da kraftig nedbør og oversvømmelse udhulede de tykke pyroklastiske aflejringer, tilbagevendende mudderstrømme begravede byer og gårdmarker, ødelagde veje og broer og fordrev mere end 100.000 mennesker.

Anslået 17 millioner tons SO2-gas blev injiceret i stratosfæren af Pinatubos sky med højt udbrud. Dette dannede en aerosol af små sulfatdråber, der med det ekstremt fine vulkanske støv cirklede kloden på omkring tre uger og reducerede solstråling, der nåede jordens overflade. Dette stratosfæriske dislag blev formindsket i løbet af de næste tre år og forårsagede tilsyneladende en gennemsnitlig afkøling på 0,4 ° C (0,7 ° F) af jordens klima i løbet af 1992-1993.