John Pope’s Turn
Det andet slag ved Bull Run fandt sted mellem 28. august og 30. august 1862. Præsident Abraham Lincoln, forfærdet over EU-kommandørens George B. McClellans optræden, placerede John Pope under kommandoen over den nyoprettede Army of Virginia. Pave’s Army of Virginia bestod af tre korps i alt omkring 77.000 Mænd. Deres formål var at beskytte Washington og Shenandoah-dalen og sikre, at konfødererede styrker blev omdirigeret fra McClellans hær ved at marchere i retning af Gordonsville, Virginia.
Lee Schemes
Robert E. Lee, der indså, at to hovedorganer i EU-hæren var opdelt og uden for rækkevidde for hinanden, så en mulighed for at knuse pavens hær. Han sendte først hærene fra generalerne Stonewall Jackson og AP Hill direkte til paveens forsyningslinje – Orange og Alexandria Railroad, hvor Jackson overvågede ødelæggelsen, før han marcherede ind i Manassas og fangede og ødelagde Unionens forsyningsdepot der. Denne chokerende udvikling tvang paven til at flytte sine tropper fra deres defensive positioner og fik Jackson til at tage defensive positioner nær en ufærdig jernbanekvalitet tæt på den oprindelige Bull Run-slagmark. Det andet slag ved Bull Run startede den 28. august, da Jackson angreb en unionssøjle, der marcherede langs Warrenton Pike nær Gainesville, Virginia. Ingen af siderne havde opnået fordelen den 28., men hårde kampe på tæt hold resulterede i næsten 2.400 samlede tab. To konfødererede generaler, herunder Richard Ewell, blev hårdt såret.
Nej, kommandør pave – de konfødererede trækker sig ikke tilbage
Paven så resultatet af den første dag som en sejr i Unionen og mente, at Jackson trak sig tilbage. kortvarigt beordrede han et angreb på Jackson for den 29., hvis hær havde indtaget effektive defensive positioner, og som snart skulle forstærkes af den konfødererede general James Longstreet og yderligere 25.000 soldater. Forvirring i Unionens rækker førte til alvorlig fejlkommunikation og fejlbehæftede oplysninger om ankomsten til Longstreet. Desuden var paveens skriftlige ordrer til hans generaler vage og modstridende, yderligere frustrerende mobilisering. Forskellige angreb og slag fandt sted alligevel gennem dagen og natten til den 29. Ikke desto mindre troede paven stadig, at slutningen af natten var i en tilbagetog og beordrede en massiv offensiv til den 30.
De konfødererede ventede
Om morgenen den 30. var konfødererede styrker i defensive positioner i håb om at blive angrebet, så de kunne starte et modangreb. Pave lancerede sin massive offensiv i Jacksons hær kort efter middagstid. Konfødereret artilleri ødelagde EU-styrker under Fitz John Porter, før de startede et kontraangreb med Longstreets 25.000 soldater, der viste sig at være det største masseangreb i krigen, fuldstændigt knuse hele venstre flanke af Unionens styrker og sende dem tilbage til Bull Run Creek og i sidste ende langs Warrenton Turnpike til Centerville. På grund af udmattelse og mørke forfulgte de konfødererede ikke, og selvom pave havde tabt kampen, blev hans hær ikke totalt ødelagt.
Afgørende konfødereret sejr
Det andet (og meget større) slag ved Bull Run var en afgørende konfødereret sejr. Unionen led over 10.000 tab, mens Konføderationen led over 7.000. Den konfødererede sejr tillod Robert E. Lee at planlægge og udføre sin Maryland-kampagne. Pavens optræden i kampen kostede ham hans kommando. Unionens generalmajor Fitz John Porter blev krigsret for ikke at følge pavens ordrer og blev afskediget fra hæren.
