Massaker und weitere Konflikte
Um zwei Uhr morgens am 24. August, dem Tag des Heiligen Bartholomäus 1572, zogen katholische Truppen um, um den verletzten Coligny und andere hugenottische Führer zu töten. Schließlich brach jeder Ordnungssinn zusammen; In ganz Paris kam es zu Plünderungen und Kämpfen, und über zweitausend Männer, Frauen und Kinder starben tot. Catherine soll die Angriffe angeordnet haben, aber dies wurde nie vollständig bewiesen. Ein weiterer Bürgerkrieg begann, aber durch eine merkwürdige Wendung der Ereignisse fiel die Führung der Hugenottenpartei nun an Katharinas jüngsten Sohn Franziskus, Herzog von Alençon. Er stellte sich an die Spitze der protestantischen Streitkräfte und träumte von einer Krone Sein älterer Bruder Henry, der gerade auf den polnischen Thron gewählt worden war, stand Frankreich nicht mehr zur Verfügung.
Die Abreise von Katharinas drittem Sohn Henry, den Thron Polens zu übernehmen, veranlasste ihn ein weiterer Hugenottenaufstand. Mit ihrer gewohnten Energie organisierte Catherine Kräfte, um dies zu stoppen, und mit ihrer gewohnten Entschlossenheit erlebte sie die Hinrichtungen ihrer Führer. Sie war auch Zeuge des Todes ihres vierundzwanzigjährigen Sohnes König Charles. Sie erinnerte sich an ihren Favoriten Henry, der das Amt des Königs übernahm. Heinrich III. Wurde 1575 gekrönt und verheiratet, hatte aber keine Kinder, die schließlich den Thron besteigen könnten. Er hatte auch Meinungsverschiedenheiten mit der Familie Guise, was die Dinge komplizierte. Catherine forderte Henry auf, seine Differenzen mit der Familie Guise aus Gründen der nationalen und katholischen Sicherheit beizulegen.
Catherine blieb bis zu ihrem Lebensende politisch aktiv, tourte für Henry durch Frankreich und versuchte, die Loyalität seiner vielen vom Krieg heimgesuchten Gebiete aufrechtzuerhalten. Sie baute auch eine riesige Sammlung von Büchern und Gemälden auf und sie baute oder vergrößerte einige der schönsten Gebäude von Paris. 1589 wurde sie krank, als sie bei der Hochzeit einer ihrer Enkelinnen tanzte. Sie starb am 5. Januar und lebte gerade lange genug, um zu hören, dass Henrys Leibwächter Guise ermordet hatten, was sie als Ablehnung ihres Sohnes für alles ansah, wofür sie gearbeitet hatte. Später in diesem Jahr wurde Henry III ermordet. In einer anderen Wendung Es war der hugenottische Prinz Heinrich von Navarra, der den Thron übernahm. Er konnte nicht darauf sitzen, bis er 1593 den katholischen Glauben mit der berühmten Bemerkung „Paris ist eine Messe wert“ annahm.