• 1 Inledning
• 2 Structure
• 3 Function
• 4 3D Structures of Reverse transcriptase

Introduktion

Reverse transcriptase (RT) eller RNA-beroende DNA-polymeras transkriberar enkelsträngat RNA till dubbelsträngat DNA. HIV-1 RT är från humant immunbristvirus och är en heterodimer av P66- och P51-underkedjor. P15 är dess RNAse H-domän. Det finns två typer av hämmare för RT: NNRTI är icke-nukleosidinhibitorer, och NRTI är nukleoidhämmare. Att vara det protein som ger sitt namn till Retrovirus, är Reverse Transcriptase, tillsammans med Protease och Integrase, den viktigaste delen av proteinsystemet som är involverat i infektions- och reproduktionsprocessen för virus som HIV, MuLV och AMV. RT har den ovanliga egenskapen att transkribera ssRNA till dsDNA som går mot den centrala dogmen för molekylärbiologi. Sedan upptäckten 1970 har studien av dess egenskaper och verkningsmekanismer varit av stort intresse bland det vetenskapliga samfundet på grund av de unika egenskaper som gör det är ett viktigt medicinskt målenzym och viktigt verktyg för gentekniska applikationer som RT-PCR vid konstruktion av cDNA-bibliotek. Se även

• Transkription och RNA-bearbetning
• HIV-1 omvänd transkriptas i komplex med Nevirapine
• Phl p 2
• AZT-resistent HIV-1 omvänd transkriptas
• Katalytisk subenhet av T. Castaneum TERT Polymeras.
• Omvänd telomeras Transkriptas
• Omvänd transkriptas (hebreiska)

Omvänd transkriptas är en av de CBI-molekyler som studeras vid University of Massachusetts Amherst Chemistry-Biology Interface Program vid UMass Amherst (se HIV Reverse Transcriptase (UMass Chem 423 Studentprojekt 2011-2)) och visas på Molecular Playground.

Struktur

Detta handliknande protein har en vanlig längd på 1000 rester (560 i kedja A (visas i rött) och 440 för B (visas i grönt)), en tredjedel av dem är involverade i alfa-helices och nästan en fjärdedel involverad i beta-ark, som visar α + β-domäner. har en vanlig vikt på 66KDa medan den är cirka 51KDa. Dessa monomerer härrör från samma gen, men p51 saknar aminosyrorna i ett aktivt ställe och har en annan tertiär strukturkonformation jämfört med p66. På grund av detta är p51 enzymatiskt inaktiv. Det finns fem distinkta strukturer inom p66-underkedjan som används för att beskriva RT: s funktioner: fingrarna (resterna 1–85 och 118–155), handflatan (resterna 86–117 och 156 –236), tummen (rester 237–318), anslutningen (319–426) och RNase H (rester 427-änden). Handflatan innehåller den huvudsakliga aktiva platsen (rester 110, 185-186).

Funktion

Som RNA -beroende DNA-polymeras, kan Reverse Transcriptase känna igen det initiala RNA: t, transkribera det till ssDNA, klyva kvarvarande RNA och sedan bygga upp dsDNA. För att göra detta har proteinet två aktiva katalytiska zoner. Kedja A har den som består av två fingerliknande domäner: en av dem känner igen den initiala nukleinsyran genom h-bindningsinteraktioner med fosfatgrupper i sidokedjorna, sedan gör båda domänerna en konformationsändring som stänger igenkänningshålet för att tillåta den andra domänen med stödet ett koordinationssystem för att påbörja transkriptionsprocessen som adderar de specifika DNA-nukleotiderna. Denna ändring är tillåten av a mellan de två tidigare domänerna; den används som ett gemensamt farmaceutiskt målställe för att förhindra förändringen och därmed hämma aktivitet. Denna zon är den enda zonen i kedja A som har icke-konserverade aminosyror, vilket ger viruset mer läkemedelsresistens. Länk till Consurf-databasen för PDB-inmatning: 1JLB. andra aktiva platser kända som klyverna RNA, släppa ssDNA som kommer igen genom det polymera aktiva stället för att bli dsDNA (allt detta med ett koordinerande system, som möjliggör icke-specifik igenkänning, bara med fosfater). Slutligen har kedja B, trots den liknande aminosyrasekvensen med kedja A, ingen enzymatisk aktivitet; dess funktion är möjligen att stabilisera och interagera med båda aktiva platser genom att variera längden mellan dem för att synkronisera båda funktionerna.

Detta är den mest allmänna idén om verkningsmekanismen för Reverse Transcriptase; processen förblir dock oklar och nya tillvägagångssätt rapporteras.

En av de viktigaste frågorna om detta protein jämfört med vanligt DNA-polymeras (förutom likheten med Klenow-fragmentet) är bristen på en korrigeringsmekanism. (vanligtvis gjord av DNA PolIII i DNA-polymeraset); denna brist ökar antalet fel, producerar fler mutationer och ger därför viruset mer fakultativ och resistensförmåga.

3D-strukturer för omvänd transkriptas

Omvänd transkriptas 3D-strukturer