Biskoparnas krig och parlamentets återkomst (1640–42)
Händelserna i Skottland förskräckt Charles, som bestämde sig för att föra de upproriska skotten till häl. Covenanters, som de skotska rebellerna blev kända, överväldigade dock snabbt den dåligt utbildade engelska armén och tvingade kungen att underteckna ett fredsavtal i Berwick (18 juni 1639). Även om förbunden hade vunnit det första biskopskriget vägrade Charles att medge seger och kallade till ett engelskt parlament och såg det som det enda sättet att snabbt samla in pengar. Riksdagen samlades i april 1640, men det varade bara tre veckor (och blev därför känt som det korta parlamentet). Underhuset var villigt att rösta de enorma summor som kungen behövde för att finansiera sitt krig mot skotten, men inte förrän deras klagomål – några som går tillbaka mer än ett decennium – hade rättats till. Rasande upplöste Charles snabbt parlamentet. Som ett resultat var det en otränad, dåligt beväpnad och dåligt betald styrka som drog sig norrut för att bekämpa skotten i det andra biskopskriget. Den 20 augusti 1640 invaderade förbunden England för andra gången, och i en spektakulär militärkampanj tog de Newcastle efter slaget vid Newburn (28 augusti). Demoraliserad och förödmjukad hade kungen inget annat alternativ än att förhandla och på skottens insistering att återkalla parlamentet.
Ett nytt parlament (det långa parlamentet), som ingen drömde om skulle sitta de närmaste 20 åren, samlades i Westminster den 3 november 1640 och krävde omedelbart anklagelser för Wentworth, som nu var Straffords jarl. Den långa rättegången i Westminster, som slutade med Straffords avrättande den 12 maj 1641, orkestrerades av protestanter och katoliker från Irland, av skotska Covenanters och av kungens engelska motståndare, särskilt ledaren för Commons, John Pym – som effektivt betonade vikten av förbindelserna mellan alla Stuart-kungadömen vid denna kritiska korsning.
Till viss del underlättade avlägsnandet av Straffords drakoniska hand utbrottet i oktober 1641 av Ulsterupproret i Irland. Detta uppror härrör å ena sidan från långsiktiga sociala, religiösa och ekonomiska orsaker (nämligen otydlig osäkerhet, ekonomisk instabilitet, skuldsättning och en önskan att få den romersk-katolska kyrkan återställd till sin position före reformationen) och å andra sidan, från kortsiktiga politiska faktorer som utlöste våldsutbrottet. Oundvikligen följde blodsutgjutelse och onödig grymhet upproret, som snabbt uppslukade ön och tog form av en populär uppväxande, grov katolsk inföding mot protestantiska nykomlingar. Omfattningen av ”massakern” på protestanter var överdriven, särskilt i England där man kunde tro på de vildaste rykten. Kanske 4000 bosättare tappade sina liv – en tragedi för att vara säker, men långt ifrån siffran 154 000 som den irländska regeringen föreslog hade Mycket vanligare var plundring och plundring av protestantisk egendom och stöld av boskap. Dessa mänskliga och materiella förluster replikerades på katolsk sida när protestanterna vedergick.
Den irländska upproret utlöste omedelbart en politisk kris i England, när Charles och hans Westminster-parlament argumenterade för vem av dem som skulle kontrollera armén som skulle höjas för att dämpa de irländska upprorarna. Hade Charles accepterat listan över klagomål som parlamentet lade fram för honom i Grand Remonstrance i december 1641 och på något sätt försonade deras skillnader, skulle revolten i Irland nästan säkert ha avskaffats med relativt lätthet. I stället mobiliserade Charles för egen krig, r han uppnådde sin standard i Nottingham i augusti 1642. De tre kungarnas krig hade börjat på allvar. Detta markerade också starten på det första engelska inbördeskriget som utkämpades mellan styrkor som var lojala mot Charles I och de som tjänade parlamentet. Efter en period av falskt krig sent 1642 var grundformen för det engelska inbördeskriget av kunglig framsteg 1643 och sedan en stadig parlamentarisk slitage och expansion.