• 1 Introducere
• 2 Structură
• 3 Funcție
• 4 Structuri 3D ale transcriptazei inverse

Introducere

Transcriptază inversă (RT) sau ADN polimerază dependentă de ARN transcrie ARN monocatenar în ADN bicatenar. HIV-1 RT provine din virusul imunodeficienței umane și este un heterodimer al subcatenelor P66 și P51. P15 este domeniul său RNAse H. Există două tipuri de inhibitori pentru RT: NNRTI sunt inhibitori non-nucleozidici și NRTI sunt inhibitori nucleoizi. Fiind proteina care le dă numele retrovirusurilor, Transcriptaza inversă este, alături de protează și integrază, cea mai importantă parte a sistemului proteic implicat în procesul de infecție și reproducere pentru viruși precum HIV, MuLV și AMV. RT are proprietatea neobișnuită de a transcrie ssRNA în dsDNA care merge împotriva Dogmei Centrale a Biologiei Moleculare. De la descoperirea sa în 1970, studiul proprietăților și mecanismelor sale de acțiune au fost de mare interes în rândul comunității științifice datorită proprietăților unice este o enzimă medicală importantă și un instrument important pentru aplicații de inginerie genetică, cum ar fi RT-PCR în construcția de biblioteci de ADNc. Vezi și

• Transcrierea și prelucrarea ARN-ului
• Transcriptaza inversă HIV-1 în complex cu Nevirapină
• Phl p 2
• Transcriptaza inversă HIV-1 rezistentă la AZT
• Subunitatea catalitică a polimerazei T. Castaneum TERT.
• Telomeraza inversă Transcriptază
• Transcriptază inversă (ebraică)

Transcriptaza inversă este una dintre moleculele CBI studiate în interfața Amherst Chimie-Biologie a Universității din Massachusetts Program la UMass Amherst (vezi Transcriptaza inversă HIV (UMass Chem 423 Student Projects 2011-2)) și expus la Molecular Playground.

Structură

Această proteină asemănătoare mâinii are o lungime obișnuită de 1000 de reziduuri (560 în lanțul A (indicat în roșu) și 440 pentru B (prezentat în verde)), o treime dintre ele implicate în helice alfa și aproape un sfert implicate în foi beta, prezentând domenii α + β. are o greutate obișnuită de 66KDa, în timp ce este de aproximativ 51KDa. Acești monomeri sunt derivați din aceeași genă, dar p51 nu are aminoacizii unui sit activ și are o conformație a structurii terțiare diferite în comparație cu p66. Din această cauză, p51 este inactiv din punct de vedere enzimatic. Există cinci structuri distincte în cadrul subcatenului p66 care sunt utilizate pentru a descrie funcțiile RT: degetele (reziduurile 1–85 și 118–155), palma (reziduurile 86–117 și 156) –236), degetul mare (resturile 237–318), conexiunea (319–426) și RNase H (resturile 427-end). Palma conține situl principal activ (reziduuri 110, 185-186).

Funcția

Ca ARN -ADN polimerază dependentă, transcriptaza inversă este capabilă să recunoască ARN-ul inițial, să-l transcrie în ADNs, să scindeze ARN-ul rămas și apoi să construiască ADNd. Pentru a face acest lucru, proteina are două zone catalitice active. Lanțul A este format din două domenii asemănătoare degetelor: unul dintre ele recunoaște acidul nucleic inițial prin interacțiuni cu legătura h cu grupările fosfat ale lanțurilor laterale, apoi ambele domenii fac o schimbare conformațională închizând gaura de recunoaștere pentru a permite al doilea domeniu cu ajutorul unui sistem de coordonare pentru a începe procesul de transcriere adăugând nucleotidele ADN specifice. Această modificare este permisă de o între cele două domenii anterioare; este utilizat ca site țintă farmaceutic comun pentru a preveni schimbarea și, prin urmare, a inhiba activitatea. Această zonă este singura zonă a lanțului A care are aminoacizi neconservați, oferind virusului mai multă rezistență la medicament. Link la Consurf Baza de date pentru intrarea PDB: 1JLB.

Deoarece are aceeași viteză ca procesul de polimerizare, alt site activ cunoscut sub numele de clivează ARN, eliberând ssDNA care vine din nou prin situl activ al Polimerazei pentru a deveni dsADN (toate acestea cu un sistem de coordonare, care permite recunoașterea nespecifică, doar cu fosfați). În cele din urmă, lanțul B, în ciuda secvenței de aminoacizi similare cu lanțul A, nu are activitate enzimatică; funcția sa este, probabil, să stabilizeze și să interacționeze cu ambele site-uri active, variind lungimea dintre ele, pentru a sincroniza ambele funcții.

Aceasta este cea mai generală idee a mecanismului de acțiune al transcriptazei inverse; cu toate acestea procesul rămâne neclar și sunt raportate noi abordări.

Una dintre problemele principale legate de această proteină în comparație cu ADN polimeraza obișnuită (în afară de asemănarea cu fragmentul Klenow), este lipsa unui mecanism de corecție. (fabricat de obicei de ADN PolIII în ADN polimerază); această deficiență crește numărul de erori, producând mai multe mutații și, prin urmare, conferind mai multă capacitate facultativă și de rezistență la virus.

Structuri 3D de transcriptază inversă

Structuri 3D de transcriptază inversă