Războaiele episcopilor și revenirea Parlamentului (1640–42)
Rândul evenimentelor din Scoția îngrozit pe Charles, care a hotărât să-i aducă pe toți rebelii scoțieni. Cu toate acestea, Covenanters, pe măsură ce rebelii scoțieni au devenit cunoscuți, au copleșit rapid armata engleză slab pregătită, obligându-l pe rege să semneze un tratat de pace la Berwick (18 iunie 1639). Deși Covenanters a câștigat primul război episcopal, Charles a refuzat să acorde victoria și a chemat un parlament englez, văzându-l ca fiind singura modalitate de a strânge bani rapid. Parlamentul s-a adunat în aprilie 1640, dar a durat doar trei săptămâni (și de aici a devenit cunoscut sub numele de Parlamentul scurt). Camera Comunelor era dispusă să voteze sumele uriașe de care avea nevoie regele pentru a-și finanța războiul împotriva scoțienilor, dar până când nemulțumirile lor – unele datând de mai bine de un deceniu – au fost reparate. Furios, Charles a dizolvat precipitat Parlamentul scurt. Drept urmare, a fost o forță neinstruită, prost înarmată și slab plătită, care a urmat nordul pentru a lupta cu scoțienii în cel de-al doilea război episcopal. La 20 august 1640, Covenanters a invadat Anglia pentru a doua oară și, într-o campanie militară spectaculoasă, au luat Newcastle în urma bătăliei de la Newburn (28 august). Demoralizat și umilit, regele nu avea altă alternativă decât să negocieze și, la insistența scoțienilor, să-și amintească parlamentul.
Un nou parlament (Parlamentul lung), pe care nimeni nu l-a visat să-l prezinte în următorii 20 de ani, s-a adunat la Westminster la 3 noiembrie 1640 și a cerut imediat punerea sub acuzare a Wentworth, care până acum era contele de Strafford. Procesul îndelungat de la Westminster, care s-a încheiat cu execuția lui Strafford la 12 mai 1641, a fost orchestrat de protestanți și catolici din Irlanda, de Scottish Covenanters și de oponenții englezi ai regelui, în special de liderul Comunelor, John Pym – subliniind efectiv importanța conexiunile dintre toate regatele Stuart la această joncțiune critică.
Într-o oarecare măsură, îndepărtarea mâinii draconiene a lui Strafford a facilitat izbucnirea în octombrie 1641 a răscoalei Ulster din Irlanda. Această rebeliune a derivat, pe de o parte, din cauze sociale, religioase și economice pe termen lung (și anume nesiguranța tenurială, instabilitatea economică, îndatorarea și dorința de a restabili Biserica Romano-Catolică în poziția sa de pre-reformă) și, pe de altă parte, pe de altă parte, din factorii politici pe termen scurt care au declanșat izbucnirea violenței. Inevitabil, vărsarea de sânge și cruzimea inutilă au însoțit insurecția, care a înghițit rapid insula și a luat forma unei populații catolice în ascensiune, care i-a pus pe nativii catolici împotriva noilor veniți protestanți. Măsura „masacrului” protestanților a fost exagerată, în special în Anglia, unde s-au crezut cu ușurință cele mai sălbatice zvonuri. Poate că 4.000 de coloniști și-au pierdut viața – o tragedie, cu siguranță, dar departe de cifra de 154.000 sugerată de guvernul irlandez mult mai frecventă a fost jefuirea și jefuirea proprietăților protestante și furtul de animale. Aceste pierderi umane și materiale au fost replicate pe latura catolică pe măsură ce protestanții au ripostat.
Insurecția irlandeză a precipitat imediat o politică criza din Anglia, în timp ce Charles și Parlamentul său de la Westminster au argumentat cu privire la care dintre ei ar trebui să controleze armata care să fie ridicată pentru a înăbuși insurgenții irlandezi. Dacă Charles ar fi acceptat lista de nemulțumiri care i-a fost prezentată de Parlament în Marea Remonstranță din decembrie 1641, diferențele lor, revolta din Irlanda aproape sigur ar fi fost anulată cu relativă ușurință. În schimb, Charles s-a mobilizat singur pentru război, r ridicându-și standardul la Nottingham în august 1642. Războaiele celor trei regate începuseră serios. Acest lucru a marcat, de asemenea, debutul primului război civil englezesc între forțele loiale lui Carol I și cei care au servit Parlamentul. După o perioadă de război fals la sfârșitul anului 1642, forma de bază a războiului civil englez a fost un progres regalist în 1643 și apoi o uzură și expansiune parlamentare constante.