Funcțiile CSI sunt de a coordona politicile membrilor săi în ceea ce privește economiile, relațiile externe, apărarea, politicile de imigrație, protecția mediului și aplicarea legii. Principalul său organism guvernamental este un consiliu format din șefii de stat ai republicilor membre (adică președinții) și din guvern (prim-miniștrii), care sunt ajutați de comitetele miniștrilor cabinetului republicii în domenii cheie, cum ar fi economia și apărarea. Membrii CSI s-au angajat să mențină atât forțele lor armate, cât și fostele arme nucleare sovietice staționate pe teritoriile lor sub un singur comandament unificat. În practică, acest lucru s-a dovedit însă dificil, la fel ca și eforturile membrilor de a coordona introducerea mecanismelor de tip piață și a proprietății private în economiile lor respective.
În august 2008, după o escaladare a ostilităților dintre Rusia și Georgia asupra regiunii separatiste Osetia de Sud, Georgia și-a anunțat intenția de a se retrage din CSI. Retragerea a fost finalizată în august 2009. Un război similar prin împuternicire a izbucnit în estul Ucrainei în 2014, după anexarea ilegală a Rusiei a republicii autonome ucrainene Crimeea. Până în 2018, cel puțin 10.000 de oameni au fost uciși în ciocniri între forțele armate ucrainene și unitățile paramilitare susținute de ruși în bazinul Donețului. În luna mai a acelui an, Președintele ucrainean. Petro Poroshenko a retras oficial statutul de membru al Ucrainei din CSI.