• 1 Introdução
• 2 Estrutura
• 3 Função
• 4 Estruturas 3D da transcriptase reversa

Introdução

Transcriptase reversa (RT) ou DNA polimerase dependente de RNA transcreve RNA de fita simples em DNA de fita dupla. O HIV-1 RT é proveniente do vírus da imunodeficiência humana e é um heterodímero das subcadeias P66 e P51. P15 é seu domínio H de RNAse. Existem dois tipos de inibidores para RT: os NNRTIs são os inibidores não nucleosídeos e os NRTIs são os inibidores dos nucleoides. Por ser a proteína que dá nome aos retrovírus, a transcriptase reversa é, junto com a protease e a integrase, a parte mais importante do sistema proteico envolvido no processo de infecção e reprodução de vírus como HIV, MuLV e AMV. RT tem a propriedade incomum de transcrever ssRNA em dsDNA indo contra o Dogma Central da Biologia Molecular. Desde sua descoberta em 1970, o estudo de suas propriedades e mecanismos de ação tem sido de grande interesse entre a comunidade científica devido às propriedades únicas que tornam é uma importante enzima alvo médica e uma ferramenta importante para aplicações de engenharia genética como RT-PCR na construção de bibliotecas de cDNA. Ver também

• Transcrição e processamento de RNA
• Transcriptase reversa de HIV-1 em complexo com nevirapina
• Phl p 2
• transcriptase reversa do HIV-1 resistente ao AZT
• Subunidade catalítica da polimerase TERT de T. Castaneum.
• Telomerase reversa Transcriptase
• Transcriptase reversa (hebraico)

A transcriptase reversa é uma das moléculas CBI sendo estudadas na Interface Química-Biologia Amherst da Universidade de Massachusetts Programa na UMass Amherst (veja HIV Reverse Transcriptase (UMass Chem 423 Student Projects 2011-2)) e em exibição no Molecular Playground.

Estrutura

Esta proteína semelhante à mão tem um comprimento normal de 1000 resíduos (560 na Cadeia A (mostrado em vermelho) e 440 para B (mostrado em verde)), um terço deles envolvidos em hélices alfa e quase um quarto envolvido em folhas beta, apresentando domínios α + β. tem um peso normal de 66KDa, enquanto que está em torno de 51KDa. Esses monômeros são derivados do mesmo gene, mas o p51 não possui os aminoácidos de um sítio ativo e tem uma conformação de estrutura terciária diferente em comparação ao p66. Por causa disso, p51 é enzimaticamente inativo. Existem cinco estruturas distintas dentro da subcadeia p66 que são usadas para descrever as funções de RT: os dedos (resíduos 1-85 e 118-155), a palma (resíduos 86-117 e 156 –236), o polegar (resíduos 237–318), a conexão (319–426) e a RNase H (resíduos 427-extremidade). A palma contém o sítio ativo principal (resíduos 110, 185-186).

Função

Como um RNA -dependent DNA Polymerase, Reverse Transcriptase é capaz de reconhecer o RNA inicial, transcrevê-lo em ssDNA, clivar o RNA remanescente e então construir o dsDNA. Para fazer isso, a proteína tem duas zonas catalíticas ativas. A cadeia A tem a que consiste em dois domínios semelhantes a dedos: um deles reconhece o ácido nucleico inicial por interações de ligações h com grupos fosfato das cadeias laterais, então ambos os domínios fazem uma mudança conformacional fechando o orifício de reconhecimento para permitir o segundo domínio com o suporte um sistema de coordenação para iniciar o processo de transcrição adicionando os nucleotídeos de DNA específicos. Essa alteração é permitida por um entre os dois domínios anteriores; é usado como um local-alvo farmacêutico comum para prevenir a alteração e, portanto, inibir a atividade. Esta zona é a única zona da Cadeia A que possui aminoácidos não conservados, dando ao vírus mais resistência aos medicamentos. Link para a Base de Dados Consurf para Entrada de PDB: 1JLB.

Como a mesma taxa que ocorre o processo de polimerização, o outro sítio ativo conhecido como cliva o RNA, liberando o ssDNA que volta pelo sítio ativo da Polimerase para se transformar em dsDNA (tudo isso com um sistema coordenativo, que permite o reconhecimento não específico, apenas com fosfatos). Finalmente, a Cadeia B, apesar da sequência de aminoácidos semelhante à Cadeia A, não tem atividade enzimática; sua função é possivelmente estabilizar e interagir com ambos os sites ativos, variando o comprimento entre eles, a fim de sincronizar as duas funções.

Esta é a ideia mais geral do mecanismo de ação da Transcriptase Reversa; no entanto, o processo permanece obscuro e novas abordagens estão sendo relatadas.

Uma das principais questões sobre essa proteína em comparação com a DNA polimerase usual (além da semelhança com o fragmento de Klenow), é a falta de um mecanismo de correção (geralmente feito por DNA PolIII na DNA Polimerase); essa deficiência aumenta o número de erros, produzindo mais mutações e, portanto, conferindo mais capacidade facultativa e de resistência ao vírus.

Estruturas 3D da transcriptase reversa

Estruturas 3D da transcriptase reversa