As funções do CIS são coordenar as políticas de seus membros em relação às suas economias, relações exteriores, defesa, políticas de imigração, proteção ambiental e aplicação da lei. Seu principal órgão governamental é um conselho composto pelos chefes de estado das repúblicas membros (ou seja, presidentes) e de governo (primeiros-ministros), que são assistidos por comitês de ministros do gabinete da república em áreas-chave como economia e defesa. Os membros da CEI se comprometeram a manter suas forças armadas e as antigas armas nucleares soviéticas estacionadas em seus territórios sob um único comando unificado. Na prática, porém, isso se mostrou difícil, assim como os esforços dos membros para coordenar a introdução de mecanismos do tipo de mercado e propriedade privada em suas respectivas economias.
Em agosto de 2008, após uma escalada das hostilidades entre a Rússia e a Geórgia sobre a região separatista da Ossétia do Sul, a Geórgia anunciou seu intenção de se retirar do CIS. A retirada foi finalizada em agosto de 2009. Uma guerra por procuração semelhante eclodiu no leste da Ucrânia em 2014, após a anexação ilegal pela Rússia da república autônoma ucraniana da Crimeia. Em 2018, pelo menos 10.000 pessoas foram mortas em confrontos entre as forças armadas ucranianas e unidades paramilitares apoiadas pela Rússia na Bacia de Donets. Em maio daquele ano, o Pres. Ucraniano. Petro Poroshenko retirou oficialmente a adesão da Ucrânia ao CIS.