Wrażliwy układ nerwowy pacjentów z migreną może powodować ataki wywoływane przez określone zapachy lub oświetlenie sytuacje. Kiedy istnieje prawdziwa alergia na związek znajdujący się w powietrzu, tkanki nosa lub dróg oddechowych reagują z powodu białych krwinek lub zapalenia związanego z alergią. To powoduje uwolnienie chemikaliów, które prowadzą do przekrwienia błony śluzowej nosa, drenażu i kichania, które zwykle kojarzą się nam z katarem siennym.

Badania pacjentów z migreną w celu oceny nieprawidłowości w tym część układu odpornościowego i białe krwinki odpowiedzialne za infekcję nie znalazły dowodów na związek między alergią a migreną. Jednak osoby z migreną są bardziej narażone na alergie i astmę. Jednym wspólnym czynnikiem jest rola zapalenia w każdym z tych zaburzeń.

Są osoby, które mają alergie oddechowe lub sezonowe, które przyczyniają się do lub powodują bóle głowy wynikające z nosa kanały lub zatoki. Badania i testy diagnostyczne mogą wyizolować i szczególnie pomóc rozwiązać te problemy u większości pacjentów.

Czasami pacjenci z migreną i innymi bólami głowy mogą mieć bóle głowy związane z problemami alergicznymi. Reakcja alergiczna może wywołać nasilenie się ich normalnych bólów głowy lub migreny.

Niektórzy cierpiący na migrenę doświadczają przekrwienia błony śluzowej nosa lub objawów typu zatokowego w ramach napadu migreny. Tych bólów głowy nie należy mylić z „bólem zatokowym” lub „infekcją zatok”, ale należy je zdiagnozować i leczyć jako migrenę.