De bisschoppenoorlogen en de terugkeer van het parlement (1640-1642)
De gang van zaken in Schotland geschokt Charles, die besloot de opstandige Schotten te verslaan. De Covenanters, zoals de Schotse rebellen bekend werden, overweldigden echter snel het slecht opgeleide Engelse leger, waardoor de koning gedwongen werd een vredesverdrag te ondertekenen in Berwick (18 juni 1639). Hoewel de Covenanters de eerste bisschoppenoorlog hadden gewonnen, weigerde Charles de overwinning te erkennen en riep hij een Engels parlement bijeen, omdat hij dit zag als de enige manier om snel geld in te zamelen. Het parlement kwam in april 1640 bijeen, maar het duurde slechts drie weken (en werd daarom bekend als het korte parlement). Het Lagerhuis was bereid om de enorme bedragen te stemmen die de koning nodig had om zijn oorlog tegen de Schotten te financieren, maar niet voordat hun grieven – waarvan sommige al meer dan tien jaar oud waren – hersteld waren. Woedend ontbond Charles plotseling het Korte Parlement. Als gevolg hiervan was het een ongetrainde, slecht bewapende en slecht betaalde troepenmacht die naar het noorden trok om de Schotten te bevechten in de tweede bisschoppenoorlog. Op 20 augustus 1640 vielen de Covenanters voor de tweede keer Engeland binnen, en in een spectaculaire militaire campagne namen ze Newcastle in na de Slag om Newburn (28 augustus). Gedemoraliseerd en vernederd, had de koning geen andere keuze dan te onderhandelen en, op aandringen van de Schotten, het parlement terug te roepen.
Een nieuw parlement (het Lange Parlement), waarvan niemand droomde dat het de komende 20 jaar zou zitten, kwam op 3 november 1640 in Westminster bijeen en riep onmiddellijk op tot de afzetting van Wentworth, die inmiddels de graaf van Strafford was. Het langdurige proces in Westminster, dat eindigde met de executie van Strafford op 12 mei 1641, werd georkestreerd door protestanten en katholieken uit Ierland, door Schotse convenanters en door de Engelse tegenstanders van de koning, vooral de leider van Commons, John Pym. de verbindingen tussen alle Stuart-koninkrijken op dit kritieke kruispunt.
Tot op zekere hoogte zorgde het wegnemen van Straffords draconische hand ervoor dat in oktober 1641 de Ulster-opstand in Ierland uitbrak. Deze rebellie vloeide enerzijds voort uit sociale, religieuze en economische oorzaken op de lange termijn (namelijk langdurige onzekerheid, economische instabiliteit, schuldenlast en de wens om de rooms-katholieke kerk terug te laten keren naar haar positie van vóór de Reformatie) en, aan de andere kant door politieke factoren op de korte termijn die tot het uitbreken van geweld hebben geleid. Bloedvergieten en onnodige wreedheid gingen onvermijdelijk gepaard met de opstand, die het eiland snel overspoelde en de vorm aannam van een populaire opstand, waarbij katholieke inboorlingen het opnemen tegen protestantse nieuwkomers. De omvang van het ‘bloedbad’ van protestanten was overdreven, vooral in Engeland, waar de wildste geruchten gemakkelijk werden geloofd. Misschien kwamen 4000 kolonisten om het leven – een tragedie om zeker te zijn, maar ver verwijderd van het aantal van 154.000 dat de Ierse regering had voorgesteld Veel gebruikelijker was het plunderen en plunderen van protestantse eigendommen en de diefstal van vee. Deze menselijke en materiële verliezen werden aan katholieke zijde herhaald toen de protestanten wraak namen.
De Ierse opstand veroorzaakte onmiddellijk een politieke crisis in Engeland, zoals Charles en zijn Westminster Parlement ruzie maakten over wie van hen het leger zou moeten controleren om de Ierse opstandelingen de kop in te drukken. Had Charles de lijst van grieven die het Parlement hem in de Grote Remonstrantie van december 1641 had voorgelegd aanvaard en op de een of andere manier hun verschillen, zou de opstand in Ierland vrijwel zeker met relatief gemak zijn neergeslagen. In plaats daarvan mobiliseerde Charles zich voor de oorlog in zijn eentje, r zijn vaandel in augustus 1642 te Nottingham gesteund. De oorlogen van de drie koninkrijken waren in alle ernst begonnen. Dit markeerde ook het begin van de eerste Engelse burgeroorlog tussen troepen die loyaal waren aan Karel I en degenen die het parlement dienden. Na een periode van nepoorlog eind 1642, was de basisvorm van de Engelse burgeroorlog de royalistische opmars in 1643 en vervolgens een gestage parlementaire uitputting en expansie.