Les fonctions de la CEI sont de coordonner les politiques de ses membres concernant leurs économies, leurs relations extérieures, leurs politiques de défense, d’immigration, de protection de l’environnement et d’application de la loi. Son organe gouvernemental suprême est un conseil composé des chefs d’État (c’est-à-dire des présidents) et de gouvernement (premiers ministres) des républiques membres, qui sont assistés par des comités de ministres du cabinet de la République dans des domaines clés tels que l’économie et la défense. Les membres de la CEI se sont engagés à maintenir leurs forces armées et les anciennes armes nucléaires soviétiques stationnées sur leur territoire sous un seul commandement unifié. Dans la pratique, cela s’est toutefois avéré difficile, tout comme les efforts des membres pour coordonner l’introduction de mécanismes de type marché et de propriété privée dans leurs économies respectives.
En août 2008, à la suite d’une escalade des hostilités entre la Russie et la Géorgie au sujet de la région séparatiste d’Ossétie du Sud, la Géorgie a annoncé son intention de se retirer de la CEI. Le retrait a été finalisé en août 2009. Une guerre par procuration similaire a éclaté dans l’est de l’Ukraine en 2014 après l’annexion illégale par la Russie de la république autonome ukrainienne de Crimée. En 2018, au moins 10000 personnes avaient été tuées dans des affrontements entre les forces armées ukrainiennes et des unités paramilitaires soutenues par la Russie dans le bassin de Donets. En mai de cette année, le président ukrainien. Petro Porochenko a officiellement retiré l’adhésion de l’Ukraine de la CEI.