• 1 Johdanto
• 2 rakenne
• 3 toiminto
• 4 käänteisen transkriptaasin 3D-rakennetta

Johdanto

Käänteiskopioija (RT) tai RNA: sta riippuvainen DNA-polymeraasi kopioi yksijuosteisen RNA: n kaksisäikeiseksi DNA: ksi. HIV-1 RT on peräisin ihmisen immuunikatoviruksesta ja on P66- ja P51-alaketjujen heterodimeeri. P15 on sen RNAse H -domeeni. RT: n estäjiä on kahden tyyppisiä: NNRTI: t ovat ei-nukleosidisia inhibiittoreita ja NRTI: t ovat nukleoidi-inhibiittoreita. Koska käänteistranskriptaasi on proteiini, joka antaa nimensä retroviruksille, se on yhdessä proteaasin ja integraasin kanssa tärkein osa proteiinijärjestelmää, joka osallistuu HIV: n, MuLV: n ja AMV: n infektio- ja lisääntymisprosessiin. RT: llä on epätavallinen ominaisuus transkriptoida ssRNA dsDNA: ksi, joka on vastoin molekyylibiologian keskusdogmaa.Sen ominaisuuksien ja toimintamekanismien tutkimus 1970-luvulta lähtien on ollut tiedeyhteisössä erittäin kiinnostava niiden ainutlaatuisten ominaisuuksien vuoksi, jotka tekevät se on tärkeä lääketieteellinen kohdeentsyymi ja tärkeä väline geenitekniikan sovelluksissa, kuten RT-PCR cDNA-kirjastojen rakentamisessa. Katso myös

• Transkriptio ja RNA-käsittely
• HIV-1-käänteiskopioijaentsyymi yhdessä nevirapiinin kanssa
• Phl p 2
• AZT-resistentti HIV-1-käänteistranskriptaasi
• T. Castaneum TERT -polymeraasin katalyyttinen alayksikkö.
• Telomeraasi käänteinen Transkriptaasi
• Käänteiskopioija (heprea)

Käänteiskopioija on yksi CBI-molekyyleistä, jota tutkitaan Massachusettsin yliopiston kemian ja biologian rajapinnassa. Ohjelma UMass Amherstissä (katso HIV-käänteiskopioija (UMass Chem 423 Student Projects 2011-2)) ja esillä Molecular Playgroundilla.

Rakenne

Tämän käsinomaisen proteiinin tavallinen pituus on 1000 tähdettä (560 ketjussa A (esitetty punaisella) ja 440 B: llä (näkyy vihreällä)), kolmasosa heistä osallistui alfa-helikeleihin ja melkein neljännes osallistui beeta-arkkiin osoittamalla α + β-domeeneja. sen tavanomainen paino on 66 kDa, kun taas se on noin 51 kDa. Nämä monomeerit ovat peräisin samasta geenistä, mutta p51: stä puuttuu yhden aktiivisen kohdan aminohapot ja sillä on erilainen tertiäärirakenteen konformaatio kuin p66: lla. Tämän vuoksi p51 on entsymaattisesti inaktiivinen. P66-alaketjussa on viisi erillistä rakennetta, joita käytetään kuvaamaan RT: n toimintoja: sormet (tähteet 1–85 ja 118–155), kämmen (tähteet 86–117 ja 156) –236), peukalo (tähteet 237–318), yhteys (319–426) ja RNaasi H (tähteet 427-pää). Kämmen sisältää tärkeimmän aktiivisen kohdan (tähteet 110, 185-186).

Toiminto

RNA: na -riippuvainen DNA-polymeraasi, käänteistranskriptaasi pystyy tunnistamaan alkuperäisen RNA: n, transkriptoimaan sen ssDNA: ksi, pilkkomaan jäljellä olevan RNA: n ja rakentamaan sitten dsDNA: n. Tätä varten proteiinilla on kaksi aktiivista katalyyttistä vyöhykettä. Ketjulla A on kaksi sormen kaltaista domeenia: toinen niistä tunnistaa alkuperäisen nukleiinihapon h-sidoksella vuorovaikutuksessa sivuketjujen fosfaattiryhmien kanssa, sitten molemmat domeenit tekevät konformaationmuutoksen, joka sulkee tunnistusreiän toisen domeenin sallimiseksi tuen avulla koordinointijärjestelmä transkriptioprosessin aloittamiseksi lisäämällä spesifisiä DNA-nukleotideja. Kahden edellisen verkkotunnuksen välinen a sallii tämän muutoksen; sitä käytetään yleisenä farmaseuttisena kohdekohtana muutoksen estämiseksi ja siten aktiivisuuden estämiseksi. Tämä vyöhyke on ainoa ketjun A vyöhyke, jolla on ei-konservoituneita aminohappoja, mikä antaa virukselle enemmän lääkeresistenssiäLink to Consurf Data Base for PDB Entry: 1JLB.

Samalla nopeudella kuin polymerointiprosessi tapahtuu, muu aktiivinen kohta, joka tunnetaan pilkkovan RNA: na, vapauttaen ssDNA: n, joka tulee jälleen polymeraasin aktiivisen kohdan kautta, dsDNA: ksi (kaikki tämä koordinaatiojärjestelmällä, joka sallii epäspesifisen tunnistamisen vain fosfaattien kanssa). Lopuksi ketjulla B ei ole entsymaattista aktiivisuutta ketjun A kanssa samankaltaisesta aminohapposekvenssistä huolimatta; sen tehtävänä on mahdollisesti stabiloida ja olla vuorovaikutuksessa molempien aktiivisten sivustojen kanssa muuttamalla niiden välistä pituutta molempien toimintojen synkronoimiseksi.

Tämä on yleisin ajatus käänteistranskriptaasin toimintamekanismista; prosessi on kuitenkin edelleen epäselvä ja uusia lähestymistapoja raportoidaan.

Yksi tämän proteiinin pääkysymyksistä tavalliseen DNA-polymeraasiin verrattuna (Klenow-fragmentin kanssa samankaltaisuuden lisäksi) on korjausmekanismin puuttuminen. (tavallisesti valmistanut DNA PolIII DNA-polymeraasissa); tämä puute lisää virheiden määrää, tuottaa enemmän mutaatioita ja antaa siten enemmän fakultatiivista ja vastustuskykyä virukselle.

Käänteisen transkriptaasin 3D-rakenteet

Käänteisen transkriptaasin 3D-rakenteet