Museon suunnitelmat julkistettiin lokakuussa 1989, noin 2,5 vuotta Warholin kuoleman jälkeen. Ilmoituksen aikaan lahjoitettiin teoksille arviolta 80 miljoonan dollarin arvosta teoksia. AWFVA: n ja Dia Art -säätiön äskettäin ilmoittama museo. Thomas N. Armstrong III, joka oli toiminut Whitneyn amerikkalaisen taiteen museon johtajana vuosina 1974-1990, nimettiin museon ensimmäiseksi johtajaksi vuonna 1993. Matt Wrbican liittyi museon henkilökunta ennen sen avaamista inventoi Warholin tavaroita New Yorkissa, ja hänestä on tullut Warholin työn arkistoija ja asiantuntija.

Vuoteen 1993 mennessä 8800 neliömetriä (8 200 m2) ) teollisuusvarasto ja sen laajamittaiset remontoinnit olivat maksaneet noin 12 miljoonaa dollaria, ja AWFVA oli lahjoittanut yli 1 000 Warholin teosta yli 55 miljoonan dollarin arvosta, lahjoitus kasvoi noin 3 000 teokseksi.

13. toukokuuta –14, 1994 museo houkutteli avajaisviikonloppuunsa noin 25 000 kävijää, perustajajohtaja Armstrong erosi nin e kuukauden kuluttua avaamisesta; eroamisajankohtana museolla oli ollut ”jännitteisiä suhteita” AWFVA: han ja sen taloudelliseen tukijaan Carnegie-instituuttiin, vaikka The New York Times ei löytänyt ketään, joka sanoisi, onko tällä kitkalla merkitystä Armstrongin toiminnassa. eroaminen.

1. marraskuuta 1997 AWFVA lahjoitti kaikki Warholin elokuvien ja videoiden tekijänoikeudet museolle.

Vuonna 2013 ilmoitettiin, että Manhattanilla New Yorkissa Essex Crossing -kehitys Lower East Side -alueelle, Pittsburghin päämuseon lisärakennus, oli tarkoitus avata vuoteen 2017 mennessä. Museo ilmoitti kuitenkin maaliskuussa 2015 luopuneensa suunnitelmista avata New Yorkin lisärakennus.

Lokakuussa 2019 ilmoitettiin, että Lou Reedin julkisesti tuntemattomasta musiikista on nauhoitettu Warholin vuoden 1975 kirjaan ”Andy Warholin filosofia: A: sta B: hen ja takaisin takaisin”. Pittsburghin museossa.