DNA-polymerase familie A |
c: o6-methyl-guanin-par i polymerase-2 baseparposition
|
Identifikatorer |
Symbol |
DNA_pol_A |
Pfam |
PF00476 |
InterPro |
IPR001098 |
SMART |
– |
PROSITE |
PDOC00412 |
SCOP2 |
1dpi / SCOPe / SUPFAM |
|
Tilgængelige proteinstrukturer: |
Pf er |
strukturer / ECOD
FBF |
RCSB FBF; PDBe; PDBj
PDBsum |
strukturoversigt
DNA-polymerasefamilie B |
krystalstruktur af rb69 gp43 i kompleks med dna indeholdende thyminglycol
|
Identifikatorer |
Symbol |
DNA_pol_B |
Pfam |
PF00136 |
Pfam-klan |
CL0194 |
InterPro |
IPR006134 |
PROSITE |
PDOC00107 |
SCOP2 |
1noy / SCOPe / SU PFAM |
|
Tilgængelige proteinstrukturer: |
Pfam |
strukturer / ECOD
FBF |
RCSB FBF; PDBe; PDBj
PDBsum |
strukturoversigt
DNA-polymerase type B, organellar og viral |
phi29 dna-polymerase, orthorhombisk krystalform, ssdna-kompleks
|
Identifikatorer |
Symbol |
DNA_pol_B_2 |
Pfam |
PF03175 |
Pfam-klan |
CL0194 |
InterPro |
IPR004868 |
|
Tilgængelige proteinstrukturer: |
Pfam |
strukturer / ECOD
FBF
RCSB FBF; PDBe; PDBj
PDBsum |
strukturoversigt
Baseret på sekvenshomologi kan DNA-polymeraser yderligere opdeles i syv forskellige familier: A, B, C, D, X, Y, og RT.
Nogle vira koder også for specielle DNA-polymeraser, såsom Hepatitis B-virus-DNA-polymerase. Disse kan selektivt replikere viralt DNA gennem en række mekanismer. Retrovira koder for en usædvanlig DNA-polymerase kaldet revers transkriptase, som er en RNA-afhængig DNA-polymerase (RdDp). Det polymeriserer DNA fra en skabelon af RNA.
Familie |
Typer af DNA-polymerase |
Taxa |
Eksempler |
Feature |
A |
Replikerende og reparationspolymeraser |
Eukaryotisk og prokaryotisk |
T7 DNA-polymerase, Pol I, Pol γ, θ og v |
To exonukleasedomæner (3 “-5” og 5 “-3”) |
Replikerende og reparationspolymeraser |
Eukaryote og prokaryote |
Pol II, Pol B, Pol ζ, Pol α, δ og ε |
3 “-5 exonuklease (korrekturlæsning); virale bruger proteinprimer |
C |
Replikative polymeraser |
Prokaryote |
Pol III |
3 “-5 exonuklease (korrekturlæsning) |
D |
Replikative polymeraser |
Euryarchaeota |
PolD (DP1 / DP2 heterodimer) |
Ingen “hånd” -funktion, dobbelt tønde RNA-polymerase- synes godt om; 3 “-5 exonuklease (korrekturlæsning) |
X |
Replikerings- og reparationspolymeraser |
Eukaryotic |
Pol β, Pol σ, Pol λ, Pol μ og terminal deoxynukleotidyltransferase |
skabelon valgfri; 5 “phosphatase (kun Pol β); svag “hånd” -funktion |
Y |
Replikativ og reparationspolymeraser |
Eukaryotisk og prokaryotisk |
Pol ι , Pol κ, Pol η, Pol IV og Pol V |
Translesionsyntese |
RT |
Replikerende og reparationspolymeraser |
Virus, Retrovirus og Eukaryotic |
Telomerase, Hepatitis B virus |
RNA-afhængig |
Prokaryot polymeraseEdit
Prokaryot polymeraser findes i to read more