• 1 Introduktion
• 2 Structure
• 3 Function
• 4 3D Structures of Reverse transcriptase

Introduktion

Reverse transcriptase (RT) eller RNA-afhængig DNA-polymerase transkriberer enkeltstrenget RNA til dobbeltstrenget DNA. HIV-1 RT er fra den humane immundefektvirus og er en heterodimer af P66- og P51-underkæder. P15 er dets RNAse H-domæne. Der er to typer inhibitorer til RT: NNRTI’er er ikke-nucleosidinhibitorer, og NRTI’er er nucleoideinhibitorer. At være det protein, der giver deres navn til Retrovirus, er Reverse Transcriptase sammen med Protease og Integrase den vigtigste del af proteinsystemet, der er involveret i infektions- og reproduktionsprocessen for vira som HIV, MuLV og AMV. RT har den usædvanlige egenskab at transkribere ssRNA til dsDNA, der går imod den centrale dogme af molekylærbiologi. Siden opdagelsen i 1970 har undersøgelsen af dens egenskaber og virkningsmekanismer været af stor interesse blandt det videnskabelige samfund på grund af de unikke egenskaber, der gør det er et vigtigt medicinsk målenzym og et vigtigt redskab til gentekniske applikationer som RT-PCR i opbygningen af cDNA-biblioteker. Se også

• Transskription og RNA-behandling
• HIV-1 omvendt transkriptase i kompleks med Nevirapin
• Phl p 2
• AZT-resistent HIV-1 reverse transkriptase
• Katalytisk underenhed af T. Castaneum TERT Polymerase.
• Telomerase Reverse Transkriptase
• Reverse Transcriptase (hebraisk)

Reverse Transcriptase er en af de CBI-molekyler, der studeres ved University of Massachusetts Amherst Chemistry-Biology Interface Program ved UMass Amherst (se HIV Reverse Transcriptase (UMass Chem 423 Student Projects 2011-2)) og udstillet på Molecular Playground.

Struktur

Dette håndlignende protein har en sædvanlig længde på 1000 rester (560 i kæde A (vist i rødt) og 440 for B (vist i grønt)), en tredjedel af dem involveret i alfa-helices og næsten en fjerdedel involveret i beta-ark, der viser α + β-domæner. har en sædvanlig vægt på 66KDa, mens den er omkring 51KDa. Disse monomerer er afledt af det samme gen, men p51 mangler aminosyrerne i et aktivt sted og har en anden tertiær strukturkonformation sammenlignet med p66. På grund af dette er p51 enzymatisk inaktiv. Der er fem forskellige strukturer i p66-underkæden, der bruges til at beskrive funktionerne i RT: fingrene (resterne 1–85 og 118-155), håndfladen (resterne 86–117 og 156 –236), tommelfingeren (rester 237–318), forbindelsen (319-426) og RNase H (rester 427-ende). Håndfladen indeholder det vigtigste aktive sted (rester 110, 185-186).

Funktion

Som et RNA -afhængig DNA-polymerase, revers transkriptase er i stand til at genkende det oprindelige RNA, transkribe det til ssDNA, spalte det resterende RNA og derefter opbygge dsDNA. For at gøre dette har proteinet to aktive katalytiske zoner. Kæde A har den, der består af to fingerlignende domæner: en af dem genkender den oprindelige nukleinsyre ved h-bindingsinteraktioner med fosfatgrupper i sidekæderne, så begge domæner foretager en konformationsændring, der lukker genkendelseshullet for at tillade det andet domæne med understøttelsen et koordineringssystem for at starte transkriptionsprocessen ved at tilføje de specifikke DNA-nukleotider. Denne ændring er tilladt af a mellem de to foregående domæner; det bruges som et fælles farmaceutisk målsted for at forhindre ændringen og hæmmer derfor aktivitet. Denne zone er den eneste zone i kæde A, der har ikke-konserverede aminosyrer, hvilket giver virussen mere lægemiddelresistens. Link til Consurf-database til PDB-indtastning: 1JLB.

Som den samme hastighed, som polymerisationsprocessen finder sted, er andet aktivt sted kendt som spalterne RNA, der frigiver ssDNA, der kommer igen gennem det Polymerase-aktive sted for at blive dsDNA (alt dette med et koordinativt system, der tillader ikke-specifik genkendelse, bare med phosphater). Endelig har kæde B, på trods af den lignende aminosyresekvens med kæde A, ingen enzymatisk aktivitet; dens funktion er muligvis at stabilisere og interagere med begge aktive steder ved at variere længden mellem dem for at synkronisere begge funktioner.

Dette er den mest generelle idé om virkningsmekanismen for Reverse Transcriptase; processen forbliver imidlertid uklar, og der rapporteres om nye tilgange.

Et af de vigtigste problemer med dette protein sammenlignet med almindelig DNA-polymerase (udover ligheden med Klenow-fragmentet) er manglen på en korrektionsmekanisme. (normalt fremstillet af DNA PolIII i DNA-polymerase); denne mangel øger antallet af fejl, producerer flere mutationer og giver derfor mere fakultativ og resistent evne til virussen.

3D-strukturer af omvendt transkriptase

Omvendt transkriptase 3D-strukturer