Biskoppenes krige og parlamentets tilbagevenden (1640–42)
Begivenhedens vending i Skotland forfærdet Charles, som besluttede at bringe de oprørske skotter i hælen. Imidlertid overvældede Covenanters, da de skotske oprørere blev kendt, hurtigt den dårligt uddannede engelske hær og tvang kongen til at underskrive en fredsaftale i Berwick (18. juni 1639). Selvom Covenanters havde vundet den første biskoppekrig, nægtede Charles at indrømme sejren og kaldte et engelsk parlament og så det som den eneste måde at skaffe penge hurtigt. Parlamentet samledes i april 1640, men det varede kun tre uger (og blev derfor kendt som det korte parlament). Underhuset var villig til at stemme de enorme beløb, som kongen havde brug for til at finansiere sin krig mod skotterne, men ikke før deres klager – nogle går mere end et årti tilbage – var blevet afhjulpet. Rasende opløste Charles det korte parlament præcist. Som et resultat var det en utrænet, dårligt bevæbnet og dårligt betalt styrke, der trak nordpå for at bekæmpe skotterne i den anden biskopskrig. Den 20. august 1640 invaderede Covenanters England for anden gang, og i en spektakulær militærkampagne tog de Newcastle efter slaget ved Newburn (28. august). Demoraliseret og ydmyget havde kongen intet andet alternativ end at forhandle og på skotske insistere at genkalde parlamentet.
Et nyt parlament (det lange parlament), som ingen drømte om at skulle sidde i de næste 20 år, samlet i Westminster den 3. november 1640 og opfordrede straks til anklagelse af Wentworth, som nu var Straffords jarl. Den langvarige retssag i Westminster, der sluttede med Straffords henrettelse den 12. maj 1641, blev orkestreret af protestanter og katolikker fra Irland, af skotske covenanters og af kongens engelske modstandere, især lederen af Commons, John Pym – og understreger effektivt vigtigheden af forbindelserne mellem alle Stuart-kongeriger i dette kritiske kryds.
I nogen grad lette fjernelsen af Straffords drakoniske hånd udbruddet i oktober 1641 af Ulster-oprøret i Irland. Dette oprør stammer på den ene side fra langsigtede sociale, religiøse og økonomiske årsager (nemlig fast ejendomssikkerhed, økonomisk ustabilitet, gæld og et ønske om at få den romersk-katolske kirke genoprettet til sin før-reformationsposition) og på den anden side fra kortsigtede politiske faktorer, der udløste voldsudbruddet. Uundgåeligt fulgte blodsudgydelse og unødvendig grusomhed oprøret, som hurtigt opslugte øen og tog form af en populær stigende, modstandsdygtig katolsk indfødt mod protestantiske nytilkomne. Omfanget af “massakren” på protestanter var overdrevet, især i England, hvor de vildeste rygter let blev antaget. Måske mistede 4000 bosættere deres liv – en tragedie for at være sikker, men langt fra tallet 154.000, som den irske regering foreslog, havde meget mere almindelig var plyndring og plyndring af protestantisk ejendom og tyveri af husdyr. Disse menneskelige og materielle tab blev gentaget på den katolske side, da protestanterne gengældte.
Den irske opstand fremkaldte straks en politisk krise i England, da Charles og hans Westminster-parlament argumenterede for, hvem af dem der skulle kontrollere hæren, der skulle rejses, for at dæmpe de irske oprørere. Havde Charles accepteret listen over klager, som blev præsenteret af Parlamentet i Grand Remonstrance i december 1641 og på en eller anden måde forenet deres forskelle, ville oprøret i Irland næsten helt sikkert være blevet afskaffet med relativ lethed. I stedet mobiliserede Charles alene til krig, r aising sin standard i Nottingham i august 1642. Krigene i de tre kongeriger var begyndt for alvor. Dette markerede også starten på den første engelske borgerkrig kæmpet mellem styrker, der var loyale over for Charles I og dem, der tjente parlamentet. Efter en periode med falsk krig sent i 1642 var den grundlæggende form for den engelske borgerkrig af royalistisk fremgang i 1643 og derefter stabil parlamentarisk slid og ekspansion.